Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,346,921 |
T→C |
53.3% |
I138I (ATT→ATC) |
yegH → |
fused predicted membrane proteins |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,346,921 | 0 | T | C | 53.3%
| 9.0
/ 63.9
| 77 | I138I (ATT→ATC) | yegH | fused predicted membrane proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/13); new base C (20/21); total (43/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 |
ATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGC > minE/1346854‑1346986
|
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:1736897/1‑69 (MQ=255)
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:2554652/1‑69 (MQ=255)
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:2619254/1‑69 (MQ=255)
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:1498752/1‑69 (MQ=255)
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:1476508/1‑69 (MQ=255)
atCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAttt > 1:2848569/1‑69 (MQ=255)
aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:416273/69‑1 (MQ=255)
aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:3213624/69‑1 (MQ=255)
aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:347600/69‑1 (MQ=255)
aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:628458/69‑1 (MQ=255)
ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:2828081/69‑1 (MQ=255)
ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:2115435/69‑1 (MQ=255)
ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:3404459/69‑1 (MQ=255)
ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:1157477/69‑1 (MQ=255)
ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:96047/69‑1 (MQ=255)
gCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:1189939/1‑66 (MQ=255)
gCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:1640546/1‑66 (MQ=255)
gCGAAGTTCTGGGGAGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:726260/1‑66 (MQ=255)
tCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:2467397/58‑1 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:836792/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:3067090/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:1194323/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:356515/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:109220/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:197237/1‑69 (MQ=255)
gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:2032887/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACt > 1:965349/1‑43 (MQ=37)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTa > 1:1561264/1‑52 (MQ=37)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTc > 1:2588446/1‑60 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATgg > 1:253870/1‑67 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2914335/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:32072/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2358987/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2331902/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:411747/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:3313668/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1207733/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:916636/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:671353/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:702611/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:821281/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1279329/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:156537/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1338721/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1361934/1‑69 (MQ=255)
gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:139256/1‑69 (MQ=255)
aaaTTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:2257022/40‑1 (MQ=255)
aaaTTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCAtt < 1:1683725/69‑1 (MQ=255)
tgtgGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTAccgccggc < 1:2256669/49‑3 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTTCTg < 1:353195/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:347409/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:836756/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:605600/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:832474/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:386187/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:608428/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:944112/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1049113/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:3299090/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:278092/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:103958/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2637897/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1133684/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2373382/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2318145/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2171348/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2144261/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1601607/69‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGAATACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1310916/69‑1 (MQ=255)
aCGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:221795/59‑1 (MQ=39)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGa > 1:1228580/1‑45 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCa > 1:2266073/1‑59 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:99229/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:1499589/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:1807978/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2093550/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2221895/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2724928/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2814137/1‑69 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:226498/1‑68 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:430687/1‑68 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:2512253/1‑68 (MQ=255)
cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:1117137/1‑68 (MQ=255)
|
ATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGC > minE/1346854‑1346986
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
