Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,367,570 |
A→G |
42.3% |
intergenic (‑130/+8) |
yohG ← / ← yohH |
predicted outer membrane protein/conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,367,570 | 0 | A | G | 42.3%
| 24.8
/ 64.0
| 85 | intergenic (‑130/+8) | yohG/yohH | predicted outer membrane protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/37); new base G (28/8); total (40/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAAC > minE/1367517‑1367634
|
gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAGTTAAGGa < 1:2799777/68‑1 (MQ=255)
gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:3351915/68‑1 (MQ=255)
gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:300014/68‑1 (MQ=255)
gAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGtt < 1:3336705/69‑1 (MQ=255)
tGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGAt < 1:1004557/69‑1 (MQ=255)
gcgcTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGAt < 1:1401624/68‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTTCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2717799/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:309718/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1864879/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1929912/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:702874/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:470875/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3338859/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2983645/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1176162/69‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1188623/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:2737816/51‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3337390/68‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2245916/68‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3189914/68‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:645779/68‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2159093/68‑1 (MQ=255)
ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1845878/68‑1 (MQ=255)
cAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGa < 1:175701/68‑1 (MQ=255)
aGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGa < 1:2833372/67‑1 (MQ=255)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:2456415/68‑1 (MQ=255)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:942081/68‑1 (MQ=255)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:1772361/68‑1 (MQ=255)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTATTGCGTTAtt < 1:1311512/38‑1 (MQ=25)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:892023/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2750656/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2137761/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:133789/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2830453/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:1384692/38‑1 (MQ=37)
gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2410329/38‑1 (MQ=37)
ccACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:130088/63‑1 (MQ=255)
tGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGc > 1:1110139/1‑69 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:442378/1‑69 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:1842696/1‑52 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:1846674/1‑52 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:2775771/1‑52 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:3159440/1‑69 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2770609/1‑69 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2105977/1‑69 (MQ=255)
tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2198889/1‑69 (MQ=255)
tGCGTTCTGTTGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:2286885/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGATTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:1302162/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:289218/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:1129023/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:2705071/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:905268/61‑1 (MQ=255)
tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:39195/61‑1 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTc > 1:1647930/1‑49 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacca > 1:2366850/1‑58 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTc > 1:2733518/1‑67 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCt > 1:2866681/1‑68 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:689512/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:432090/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:463912/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:957772/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:808989/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2866947/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1074312/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1238378/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1829137/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1835357/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1931356/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2116884/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2191514/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2259649/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2311854/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2380193/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2380962/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2405528/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:246734/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2506057/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2712109/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2833362/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2852913/1‑69 (MQ=255)
tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTAGCTGTCTg > 1:2800232/1‑69 (MQ=255)
cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:2346016/1‑56 (MQ=255)
cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:161987/1‑56 (MQ=255)
cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:2916304/1‑56 (MQ=255)
gTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAAc < 1:2293914/69‑1 (MQ=255)
|
GCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAAC > minE/1367517‑1367634
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
