Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,511,053 |
T→G |
45.9% |
V107V (GTT→GTG) |
pta → |
phosphate acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,511,053 | 0 | T | G | 45.9%
| 5.4
/ 113.6
| 98 | V107V (GTT→GTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/11); new base G (16/29); total (58/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGTCTCTGAACTACGAAATCGCTAAA > minE/1510996‑1511116
|
ggAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTgg < 1:603363/68‑1 (MQ=255)
ggAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTgg < 1:1351389/68‑1 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTAGCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:1482475/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCCCGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:140436/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:2571456/1‑68 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2206731/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:3376560/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:1797725/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:1873249/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2075573/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2092852/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:1080465/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2241328/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2284279/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2489172/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:3019804/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2633229/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:2708927/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:269440/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:964412/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:582646/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:144344/1‑69 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTT‑AAGGTCTGGTc > 1:1276053/1‑68 (MQ=255)
gAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGATCTGGTTGAAGGTCTGGTc > 1:3153844/1‑69 (MQ=255)
agagATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTccc > 1:827994/1‑69 (MQ=255)
agagATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTccc > 1:2412582/1‑69 (MQ=255)
agagATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTccc > 1:1317323/1‑69 (MQ=255)
agagATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTcc > 1:3306607/1‑68 (MQ=255)
agaTCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGa < 1:2449690/69‑1 (MQ=255)
agaTCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGa < 1:2445728/69‑1 (MQ=255)
agaTCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGCTCCCGa < 1:2535238/69‑1 (MQ=255)
gaTCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGa < 1:1371957/68‑1 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:1608273/1‑60 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:3068598/1‑60 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:1370869/1‑60 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:3316774/1‑60 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGt > 1:3339707/1‑60 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1354242/1‑68 (MQ=255)
cgtcgCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1146426/1‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2505301/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1740482/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1787647/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2447502/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1724227/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2064293/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:3236378/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:1188278/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2273226/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:576260/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2014646/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2118269/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2117152/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2114072/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGacac > 1:2084731/3‑68 (MQ=255)
catcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGaca > 1:2302412/3‑67 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1684731/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2520232/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2394390/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3357000/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1279188/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1893342/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:636408/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3323674/68‑1 (MQ=255)
atcgCGAACTACCACGCTAAAACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2551028/68‑1 (MQ=255)
tcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3345336/68‑1 (MQ=255)
tcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1111903/68‑1 (MQ=255)
tcgCGAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAATTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:125454/68‑1 (MQ=255)
gCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACTCGTAAg < 1:437936/69‑1 (MQ=255)
gCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAg < 1:2720206/69‑1 (MQ=255)
gCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAg < 1:2293796/69‑1 (MQ=255)
gCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAg < 1:1987985/69‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCTTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2529483/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:116948/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:676670/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1295361/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:520760/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3406535/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:175008/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:1753761/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3327961/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2133942/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:3252118/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2367552/61‑1 (MQ=255)
cTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGCTCTGGTCCCGACACGt < 1:2489573/61‑1 (MQ=255)
tACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACTCGt < 1:595537/60‑1 (MQ=255)
tACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2665060/60‑1 (MQ=255)
tACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:2786780/60‑1 (MQ=255)
tACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTGGAAGGTCTGGTCCCGACACGt < 1:346841/60‑1 (MQ=255)
ctaaaGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:2874835/3‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:1945505/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:788904/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:141265/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:1450154/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:3394401/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGtct > 1:2057071/1‑68 (MQ=255)
ccAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGATTGCCCAGtct > 1:1926183/1‑68 (MQ=255)
gAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGTCTCTGAACTACGaa < 1:1547603/69‑1 (MQ=255)
cTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGTCTCTGAACTACGAAATCGCTaaa > 1:3115850/1‑69 (MQ=255)
|
GGAAGAGATCGTCGCAAACTACCACGCTAACACCAAAGACGCTGAAGTCGTTCTGGTTGAAGGTCTGGTCCCGACACGTAAGCACCAGTTTGCCCAGTCTCTGAACTACGAAATCGCTAAA > minE/1510996‑1511116
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
