Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,569,369	C→T	21.5%	intergenic (‑44/‑292)	mntH ← / → nupC	manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,569,369	0	C	T	21.5%	213.7 / 43.1	148	intergenic (‑44/‑292)	mntH/nupC	manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/42); new base T (11/21); total (85/63)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01

Only 100 of 158 total aligned reads displayed.

CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT  >  minE/1569303‑1569434

ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCa                                                                 >  1:1070164/1‑69 (MQ=255)

       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:187572/68‑1 (MQ=255)

       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:1875734/68‑1 (MQ=255)

       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:2862237/68‑1 (MQ=255)

       cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                           <  1:57348/68‑1 (MQ=255)

           aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAAtc                                                       >  1:1639895/1‑67 (MQ=255)

           aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATg                                                       >  1:1812342/1‑68 (MQ=255)

                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:661934/1‑69 (MQ=255)

                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:3366704/1‑69 (MQ=255)

                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:2145162/1‑69 (MQ=255)

                     aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                            >  1:864160/1‑69 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCa                                                >  1:1302944/1‑62 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:373056/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:3240407/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:3125711/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:734842/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:819497/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2816057/1‑68 (MQ=255)

                        ttGTGACTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                          >  1:2304185/1‑68 (MQ=255)

                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:49361/1‑68 (MQ=255)

                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:626832/1‑68 (MQ=255)

                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:1272899/1‑68 (MQ=255)

                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:2358350/1‑68 (MQ=255)

                         tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                         >  1:91012/1‑68 (MQ=255)

                             ccTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTaaa                                    >  1:2466104/1‑69 (MQ=255)

                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:1637723/69‑1 (MQ=255)

                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:283415/69‑1 (MQ=255)

                                ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                 <  1:12837/69‑1 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2651015/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2622887/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2860186/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:2511659/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:761329/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:3247538/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:3414556/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                               >  1:468726/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                >  1:838766/1‑67 (MQ=255)

                                  aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                >  1:2566835/1‑67 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:798716/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1184053/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:743742/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3047850/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1303250/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3316101/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:3408834/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1040400/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:2793553/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1689557/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1180670/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1724969/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:945307/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1626391/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:89941/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:1682017/67‑2 (MQ=255)

                                   aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:933338/67‑2 (MQ=255)

                                      cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg                           <  1:2939747/69‑1 (MQ=255)

                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:671242/1‑69 (MQ=255)

                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:1603401/1‑69 (MQ=255)

                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:948897/1‑69 (MQ=255)

                                          gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                       >  1:2234114/1‑69 (MQ=255)

                                            cTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                <  1:802516/58‑2 (MQ=255)

                                                   aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa              <  1:355535/69‑1 (MQ=255)

                                                    tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:1971420/57‑1 (MQ=255)

                                                    tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:851729/57‑1 (MQ=255)

                                                    tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:376007/57‑1 (MQ=255)

                                                    tGTTTCATGCTATCCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                         <  1:265932/57‑1 (MQ=255)

                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:2951029/1‑67 (MQ=255)

                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:2905784/1‑67 (MQ=255)

                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:1605911/1‑67 (MQ=255)

                                                        tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg           >  1:392934/1‑67 (MQ=255)

                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:234400/1‑69 (MQ=255)

                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:120362/69‑1 (MQ=255)

                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:2513790/1‑69 (MQ=255)

                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2536643/69‑1 (MQ=255)

                                                            gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     >  1:169374/1‑69 (MQ=255)

                                                             cTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg     <  1:2718882/68‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa              >  1:2176824/1‑57 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGa    >  1:1993202/1‑67 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:971833/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:626457/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:474236/69‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:1263117/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:206475/69‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:356317/69‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:3387578/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:134856/69‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  <  1:3161022/69‑1 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:1339156/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:3101831/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:2992034/1‑69 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt   >  1:1517601/1‑68 (MQ=255)

                                                               aTGCCAAAAGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt  >  1:3082709/1‑69 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:3221699/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:2537336/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:2395033/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:2260462/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:137468/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:1254162/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:1515950/1‑52 (MQ=255)

                                                                  ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                >  1:649695/1‑52 (MQ=255)

CTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATT  >  minE/1569303‑1569434

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A