Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,569,374 C→T 20.2% intergenic (‑49/‑287) mntH ← / → nupC manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,569,3740CT20.2% 240.0 / 41.5 158intergenic (‑49/‑287)mntH/nupCmanganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (82/43);  new base T (11/21);  total (94/64)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 159 total aligned reads displayed.

CGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTAT  >  minE/1569310‑1569436
                                                                |                                                              
cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                             <  1:57348/68‑1 (MQ=255)
cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                             <  1:187572/68‑1 (MQ=255)
cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                             <  1:1875734/68‑1 (MQ=255)
cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag                                                             <  1:1316174/68‑1 (MQ=255)
    aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAAtc                                                         >  1:1639895/1‑67 (MQ=255)
    aTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATg                                                         >  1:1812342/1‑68 (MQ=255)
              aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                              >  1:864160/1‑69 (MQ=255)
              aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt                                              >  1:3056469/1‑69 (MQ=255)
                cTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGACAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:1184116/1‑69 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:3125711/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:2816057/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:2764630/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:734842/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:2038899/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:3240407/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:248616/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:819497/1‑68 (MQ=255)
                 ttGTGACTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa                                            >  1:2304185/1‑68 (MQ=255)
                  tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                           >  1:91012/1‑68 (MQ=255)
                  tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                           >  1:626832/1‑68 (MQ=255)
                  tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt                                           >  1:2358350/1‑68 (MQ=255)
                         ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                   <  1:1637723/69‑1 (MQ=255)
                         ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg                                   <  1:12837/69‑1 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:2622887/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:2860186/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:761329/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:2511659/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:2264596/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgggt                                 >  1:468726/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  >  1:2566835/1‑67 (MQ=255)
                           aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  >  1:838766/1‑67 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:2793553/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1040400/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:743742/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:2865884/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:3171159/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:3316101/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:3408834/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1184053/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1303250/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:945307/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:933338/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:89941/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1689557/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1682017/67‑2 (MQ=255)
                            aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:1626391/67‑2 (MQ=255)
                               cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgtg                             <  1:3401306/69‑1 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:2234114/1‑69 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:948897/1‑69 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:1290886/1‑69 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:671242/1‑69 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:1603401/1‑69 (MQ=255)
                                   gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa                         >  1:1619182/1‑69 (MQ=255)
                                     cTTTGCTATGTTTCATGCTACGTTAAATGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATggg                                  <  1:802516/58‑2 (MQ=255)
                                            aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa                <  1:355535/69‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:2655206/57‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:376007/57‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:1971420/57‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:851729/57‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:3436166/57‑1 (MQ=255)
                                             tGTTTCATGCTATCCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt                           <  1:265932/57‑1 (MQ=255)
                                                 tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg             >  1:2905784/1‑67 (MQ=255)
                                                 tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg             >  1:392244/1‑67 (MQ=255)
                                                 tCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAg             >  1:362667/1‑67 (MQ=255)
                                                 tCATGCTATGCCAAACGAGAATGAGTATCAAATTCAttt                                         >  1:3235731/1‑39 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:1266063/69‑1 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:488983/69‑1 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:764775/69‑1 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:1254589/69‑1 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:2536643/69‑1 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       >  1:65990/1‑69 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       >  1:181000/1‑69 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       >  1:2989850/1‑69 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       >  1:169374/1‑69 (MQ=255)
                                                     gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGAGGTGATTTCTCTGATAGACCAgg       <  1:3119029/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa                >  1:2176824/1‑57 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:626457/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:971833/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    <  1:454569/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    <  1:1137533/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:1339156/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    <  1:206475/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    <  1:2149595/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:2357057/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    <  1:2561469/69‑1 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:2836892/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:2946654/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:2992034/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:3272722/1‑69 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt     >  1:2517279/1‑68 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAt     >  1:1517601/1‑68 (MQ=255)
                                                        aTGCCAAAAGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGAtt    >  1:3082709/1‑69 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtctc                   >  1:3378074/1‑51 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:2395033/1‑52 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:649695/1‑52 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:1515950/1‑52 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:137468/1‑52 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:1352748/1‑52 (MQ=255)
                                                           ccAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct                  >  1:1254162/1‑52 (MQ=255)
                                                              aaCGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa                <  1:548273/51‑1 (MQ=255)
                                                                |                                                              
CGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTAT  >  minE/1569310‑1569436

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A