Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,588,287 |
T→C |
57.4% |
I388I (ATT→ATC) |
ptsI → |
PEP‑protein phosphotransferase of PTS system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,588,287 | 0 | T | C | 57.4%
| 25.1
/ 54.7
| 75 | I388I (ATT→ATC) | ptsI | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/24); new base C (13/30); total (21/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
GAGAGATCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTGCGCA > minE/1588223‑1588333
|
gagagaTCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGt > 1:626054/1‑69 (MQ=255)
gaTCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTccc < 1:1154008/69‑1 (MQ=255)
gaTCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTccc < 1:481834/69‑1 (MQ=255)
gaTCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTccc < 1:2060773/69‑1 (MQ=255)
cTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCgatg > 1:2022125/1‑69 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:195980/69‑1 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:406665/69‑1 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:1136602/69‑1 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:193231/69‑1 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:115705/69‑1 (MQ=255)
cgcTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaaga < 1:1326875/69‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2530567/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2007260/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:320333/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:3180344/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2330102/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2472449/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2484289/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2510859/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:37750/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:3102778/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2595043/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:546156/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2706099/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:2719891/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1825827/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:903201/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:886763/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:885914/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1334570/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:869647/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1378533/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:3258204/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1514347/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1566573/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1591462/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1682508/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:1867452/59‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCTCTGCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTCgaa < 1:2329623/59‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtgc < 1:1438721/69‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:3222833/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:3143449/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:3204869/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:2113929/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:581759/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:2675463/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:1509221/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:763705/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:1333884/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:925405/68‑1 (MQ=255)
gCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:1034369/68‑1 (MQ=255)
cGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:2584900/67‑1 (MQ=255)
tGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACt > 1:2560696/1‑69 (MQ=255)
tGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACt > 1:743940/1‑69 (MQ=255)
tGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATCTTCCCga > 1:3071083/1‑38 (MQ=255)
cTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAgtgcgtg < 1:2219993/62‑1 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:603054/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:51925/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:929964/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:3342447/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:3305642/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:2946143/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:2856061/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:2144750/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:2034314/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:1415947/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:1334946/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:1100886/3‑67 (MQ=255)
ctgCTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTgcg > 1:1051357/3‑67 (MQ=255)
gCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaata < 1:1137558/50‑3 (MQ=255)
cTTTCGGTAAATTGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:130109/47‑1 (MQ=255)
tttCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTGCGCa > 1:480834/1‑65 (MQ=255)
tttCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTGCGCa > 1:3008865/1‑65 (MQ=255)
tttCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTGCGCa > 1:1202744/1‑65 (MQ=255)
ttGCGCATCATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTgaa < 1:3090822/36‑1 (MQ=255)
|
GAGAGATCCTGCGCGATCAGCTCCGCGCTATCCTGCGTGCCTCGGCTTTCGGTAAATTGCGCATTATGTTCCCGATGATCATCTCTGTTGAAGAAGTGCGTGCACTGCGCA > minE/1588223‑1588333
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
