Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,603,960 |
A→G |
35.0% |
S105S (AGT→AGC) |
yfeY ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,603,960 | 0 | A | G | 35.0%
| 78.2
/ 69.7
| 117 | S105S (AGT→AGC) | yfeY | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/15); new base G (20/21); total (81/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CCGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAGCG > minE/1603907‑1604028
|
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCGCGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:811067/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTg > 1:2069968/1‑63 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTg > 1:391154/1‑68 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:2875276/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:2532251/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:810135/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:1733714/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:2485753/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:713433/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:251986/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:2115908/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:2164655/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:1583096/1‑69 (MQ=255)
ccGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGa > 1:3244648/1‑69 (MQ=255)
gATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATc > 1:2785584/1‑69 (MQ=255)
gATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATc > 1:3021596/1‑69 (MQ=255)
gATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATc > 1:3189556/1‑69 (MQ=255)
ggTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTg < 1:327430/43‑1 (MQ=255)
ggTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTg < 1:3382684/43‑1 (MQ=255)
ggTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTg < 1:1731932/43‑1 (MQ=255)
ggTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCAc < 1:785022/69‑1 (MQ=255)
ggTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCAc < 1:1175281/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTTATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:44925/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:957411/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:2275860/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:2917077/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:293604/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:3011421/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:3296759/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:361191/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:741205/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:944347/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:1266595/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:134760/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:1557178/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:1628071/69‑1 (MQ=255)
tgtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:1683049/69‑1 (MQ=255)
gtCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCa < 1:497693/68‑1 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2243966/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:1337244/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:3390481/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2281262/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGcc > 1:1458015/1‑45 (MQ=38)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATc > 1:1732034/1‑67 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2496416/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:814895/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:1265331/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:767778/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:751688/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:594833/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:558602/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:3312860/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2345219/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:1571084/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:1634481/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:3008369/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:1968906/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2190797/1‑69 (MQ=255)
agcagGAATATCGCTATCCAGCACATCAATGCGGCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGc > 1:2800402/1‑69 (MQ=255)
aaTATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCTCCACGtt < 1:2822252/69‑1 (MQ=255)
aaTATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGtt < 1:3366589/69‑1 (MQ=255)
aaTATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGtt < 1:405025/69‑1 (MQ=255)
aaTATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGtt < 1:728748/69‑1 (MQ=255)
atatCGCTATCCAGCACGGCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGtt < 1:3362697/68‑1 (MQ=255)
tatCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGt > 1:1350190/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTc > 1:2548694/1‑68 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:262214/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:2280152/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:2061750/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:2192366/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:3391403/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:1549424/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:920328/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:2683892/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:1978483/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:2823636/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:3163277/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:3189167/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:3325003/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGACGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:269781/1‑69 (MQ=255)
tCGCTATCCAGCAAGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCg > 1:1583966/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:1417939/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:1094564/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:2975874/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:502480/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:299840/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:2181128/1‑69 (MQ=255)
aTCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCtt > 1:2234827/1‑69 (MQ=255)
cAGCACGTCAATGCTACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcat > 1:2278527/1‑69 (MQ=255)
cAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTGATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcat > 1:1391436/1‑69 (MQ=255)
cAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcat > 1:2354599/1‑69 (MQ=255)
cAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcat > 1:921674/1‑69 (MQ=255)
gCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCTCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcatc < 1:1081412/68‑1 (MQ=255)
gCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTtcatc < 1:2389229/68‑1 (MQ=255)
tGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCaaaaa < 1:3037020/69‑1 (MQ=255)
aCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCTCGtt < 1:1783914/42‑1 (MQ=255)
aCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAgcg < 1:2796352/69‑1 (MQ=255)
aCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAgcg < 1:2655406/69‑1 (MQ=255)
aCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAgcg < 1:552952/69‑1 (MQ=255)
aCTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAgcg < 1:3246714/69‑1 (MQ=255)
|
CCGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAGCG > minE/1603907‑1604028
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
