Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,605,817 |
C→T |
22.9% |
G136G (GGC→GGT) |
amiA → |
N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,605,817 | 0 | C | T | 22.9%
| 104.6
/ 22.7
| 78 | G136G (GGC→GGT) | amiA | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/15); new base T (11/7); total (56/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGATCGCGTTGAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCAAGTAGCGC > minE/1605754‑1605882
|
cGATCGCGTTGAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTa < 1:861832/68‑1 (MQ=255)
aTCGCGTTGAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTa < 1:200862/66‑1 (MQ=255)
gAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGaaa > 1:1997699/1‑69 (MQ=255)
gAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGaaa > 1:318909/1‑69 (MQ=255)
gAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGaaa > 1:3176543/1‑69 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:2760816/62‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:3276798/62‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:223479/62‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:429010/62‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:1242439/62‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:2681066/62‑1 (MQ=255)
aaTCGCCCATAAACACGGCGCAGACCTGTTTATGTCAATTCACGCCGACGGTTTTACCAAc < 1:1737809/61‑1 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:2283325/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:3008078/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:2964791/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:3077431/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:263846/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:2746564/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:284447/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:1911441/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:46101/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:78794/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:1514579/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:364407/1‑69 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCt > 1:2244456/1‑68 (MQ=255)
aaCATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATACCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCtt > 1:3068604/1‑69 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTTCCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:2227352/1‑68 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:2019128/1‑68 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:1101430/1‑68 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:2637484/1‑68 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:3221222/1‑68 (MQ=255)
cATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATCCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTc > 1:539958/1‑68 (MQ=255)
tGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGt < 1:2007635/69‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGt < 1:3178286/69‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGt < 1:2365550/69‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGt < 1:2397064/69‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGt < 1:1198488/69‑1 (MQ=255)
cAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTg > 1:128318/1‑69 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:2314080/69‑1 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:2933912/69‑1 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:1037867/69‑1 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:2968248/69‑1 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:2252118/69‑1 (MQ=255)
gATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGcc < 1:1841774/69‑1 (MQ=255)
tCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCct > 1:1040309/1‑69 (MQ=255)
cTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCctc > 1:2921279/1‑69 (MQ=255)
cTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCctc > 1:1403680/1‑69 (MQ=255)
tttATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCctctct > 1:2860403/1‑69 (MQ=255)
tATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTAtt > 1:1342544/1‑57 (MQ=255)
tATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTaa > 1:1060100/1‑69 (MQ=255)
tATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTaa > 1:531919/1‑69 (MQ=255)
gTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCg > 1:2710003/1‑69 (MQ=255)
gTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCg > 1:947057/1‑69 (MQ=255)
gTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCg > 1:2057647/1‑69 (MQ=255)
gTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCg > 1:3391623/1‑69 (MQ=255)
gTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCg > 1:3198529/1‑69 (MQ=255)
tCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGt > 1:957865/1‑69 (MQ=255)
tCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGt > 1:1589749/1‑69 (MQ=255)
tCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGt > 1:199097/1‑69 (MQ=255)
tCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGt > 1:2292501/1‑69 (MQ=255)
tCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTggg > 1:1770281/1‑67 (MQ=255)
tCATGCAGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTggg > 1:1321/1‑67 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTa > 1:379128/1‑46 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:2606813/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:3240158/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:3276675/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:1042246/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:3087311/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:21834/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:255714/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:638321/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:2566766/1‑51 (MQ=255)
tCACGCCGACGGTTTTACAAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGc > 1:2838364/1‑51 (MQ=255)
cATGCCGATGTCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCa > 1:3377369/1‑69 (MQ=255)
cATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCa > 1:710660/1‑69 (MQ=255)
cATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCa > 1:1809942/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCAAGTAgcgc < 1:647775/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCAAGTAgcgc < 1:1891528/69‑1 (MQ=255)
|
CGATCGCGTTGAAATCGCCCATAAACATGGCGCAGATCTGTTTATGTCAATTCATGCCGATGGCTTTACCAACCCGAAAGCTGCCGGTGCTTCGGTATTTGCCCTCTCTAACCGTGGGGCAAGTAGCGC > minE/1605754‑1605882
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
