Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,698,218 |
T→C |
43.3% |
M33T (ATG→ACG) |
csiE → |
stationary phase inducible protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,698,218 | 0 | T | C | 43.3%
| 25.1
/ 76.5
| 97 | M33T (ATG→ACG) | csiE | stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/38); new base C (19/23); total (36/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 |
TCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGA > minE/1698154‑1698285
|
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:2983705/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:945624/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:346595/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:2977184/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:3166742/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:1666095/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:1346778/1‑69 (MQ=255)
tCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATATTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCa > 1:2913498/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:1514569/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:679193/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:159975/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:3109477/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:278649/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:283024/67‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCa < 1:1073574/67‑1 (MQ=255)
tGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:775617/69‑1 (MQ=255)
gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:2399732/66‑1 (MQ=255)
gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:182599/66‑1 (MQ=255)
gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTa < 1:56534/66‑1 (MQ=255)
gCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:82838/68‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:72933/69‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:2787177/69‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:2993812/69‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:206933/69‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:1867979/69‑1 (MQ=255)
tCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGtgtg < 1:3267193/68‑1 (MQ=255)
cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:1887797/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:3161994/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:80640/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTgg > 1:1768887/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2418420/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1005007/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2980520/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:889370/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1252874/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1295756/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:766208/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1362287/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:2723023/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:3048362/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1518968/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1719946/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1743503/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:187448/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1901517/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:3398553/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:1800767/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:182815/1‑68 (MQ=255)
gCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg > 1:371387/1‑68 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgat < 1:450523/68‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:1766157/66‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:544439/66‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:489891/66‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2709550/66‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2422248/66‑1 (MQ=255)
tGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatg < 1:2323350/66‑1 (MQ=255)
gACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatga < 1:1828157/69‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2685891/67‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2557560/67‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:2092542/67‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGgatgatgat < 1:640904/67‑1 (MQ=255)
ctctTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATAtt < 1:1022661/69‑1 (MQ=255)
tCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGc > 1:311105/1‑37 (MQ=255)
cGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAAt < 1:338615/41‑1 (MQ=255)
ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:939377/69‑1 (MQ=255)
ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:2462976/69‑1 (MQ=255)
ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:1210430/69‑1 (MQ=255)
ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:147632/69‑1 (MQ=255)
ggggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:370907/69‑1 (MQ=255)
gggTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGa < 1:1925777/68‑1 (MQ=255)
gTTGACCGGCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2431148/63‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1295470/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1863976/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:16319/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:723776/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1358162/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1331117/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:454367/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:853240/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:884228/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:110041/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1072561/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1984454/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2085136/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2213504/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3378776/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2295096/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2310057/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3101983/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:3060123/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:2520638/61‑1 (MQ=255)
tGACCGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:283019/61‑1 (MQ=255)
cGCCACCACGGCAACTTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCt < 1:1952742/57‑1 (MQ=255)
aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:561987/1‑69 (MQ=255)
aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:1853637/1‑69 (MQ=255)
aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:2993554/1‑69 (MQ=255)
aTGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGa > 1:2143622/1‑69 (MQ=255)
|
TCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGA > minE/1698154‑1698285
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
