Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,786,533 |
A→T |
51.7% |
P81P (CCA→CCT) |
smpA → |
small membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,786,533 | 0 | A | T | 51.7%
| 4.4
/ 107.6
| 89 | P81P (CCA→CCT) | smpA | small membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/28); new base T (25/21); total (40/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAA > minE/1786465‑1786598
|
ttGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCa < 1:1079141/69‑1 (MQ=255)
ttGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCa < 1:544994/69‑1 (MQ=255)
gggTACACCTCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAg > 1:1636925/1‑68 (MQ=255)
gggTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAg > 1:2719155/1‑68 (MQ=255)
gggTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAg > 1:1595228/1‑68 (MQ=255)
gggTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAg > 1:1555676/1‑68 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:3272875/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:3228280/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:3185008/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:2709899/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:802678/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:2187774/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:933921/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:2003230/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:1105523/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:1818024/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:180088/1‑66 (MQ=255)
cGATCCATTTGGTACAAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAAcgc > 1:1781111/1‑66 (MQ=255)
tCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGgtgt > 1:332430/1‑60 (MQ=255)
tCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGgtgt > 1:995254/1‑60 (MQ=255)
ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:1929715/1‑69 (MQ=255)
ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:591666/1‑69 (MQ=255)
ccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCaa > 1:308385/1‑69 (MQ=255)
tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1120652/68‑1 (MQ=255)
tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1823852/68‑1 (MQ=255)
tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:547222/68‑1 (MQ=255)
tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:394346/68‑1 (MQ=255)
tttGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAac < 1:1995113/68‑1 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAg > 1:1810225/1‑41 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGgtgt > 1:2825322/1‑54 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:2354095/1‑69 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:2554585/1‑69 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:202786/1‑69 (MQ=255)
tGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct > 1:855611/1‑69 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2851288/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1408317/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2742299/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1485094/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2655963/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1026728/68‑1 (MQ=255)
tACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:1977656/68‑1 (MQ=255)
caaaTACCTGGTTCTATGTCTTCC‑CCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2345983/67‑1 (MQ=255)
cGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2968638/66‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:318492/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2082605/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:3074326/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2900309/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1624062/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2118481/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1586329/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1328485/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:4242/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:466072/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:467418/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:467840/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1941971/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2672425/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:739563/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:1672207/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:935203/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTGGTCACGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:2940136/68‑1 (MQ=255)
aaTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:1477509/68‑1 (MQ=255)
aTACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCTTGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:729578/67‑1 (MQ=255)
aCCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGAcc < 1:2853609/69‑1 (MQ=255)
tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2314776/58‑1 (MQ=255)
tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2542756/58‑1 (MQ=255)
tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:2284788/58‑1 (MQ=255)
tCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgct < 1:1441569/58‑1 (MQ=255)
tCCGCCGGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:435396/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct > 1:2277104/1‑49 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1973051/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:937989/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1749177/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:804350/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:762289/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2555855/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1242715/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:490502/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2693833/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:2732891/1‑69 (MQ=255)
tCCGCCAGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtg > 1:1394818/1‑69 (MQ=255)
gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:713364/68‑1 (MQ=255)
gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:121878/68‑1 (MQ=255)
gCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:2766505/68‑1 (MQ=255)
ccAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2876811/41‑1 (MQ=255)
ccAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:231396/67‑1 (MQ=255)
aGCAACCTGGTCATGAAGGTGTAACGCAGCAAacgctgacgct < 1:278456/43‑1 (MQ=38)
cAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctga < 1:2276853/37‑1 (MQ=255)
aCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCaa < 1:1774082/69‑1 (MQ=255)
aCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCaa < 1:2689461/69‑1 (MQ=255)
ccAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGTCCaa < 1:977086/68‑1 (MQ=255)
|
TTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAA > minE/1786465‑1786598
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
