Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,941,456 A→G 38.0% V292V (GTA→GTG)  ygfZ → predicted folate‑dependent regulatory protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,941,4560AG38.0% 58.8 / 75.6 113V292V (GTA→GTG) ygfZpredicted folate‑dependent regulatory protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (22/48);  new base G (3/40);  total (25/88)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01

Only 100 of 115 total aligned reads displayed.

CTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACAT  >  minE/1941396‑1941523
                                                            |                                                                   
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:519845/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAtgttgt                                                             <  1:1749150/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2196679/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1055925/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1152911/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1198866/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:669316/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2642188/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1365777/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:3091334/69‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:3423880/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:49277/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1772097/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:3202088/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2633593/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2604550/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:236939/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2302118/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2157028/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:494346/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:918221/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:697855/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1400513/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:1342832/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:610151/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                                 <  1:2966869/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                                 <  1:3153268/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                                 <  1:3204123/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGGCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                                 <  1:1100678/68‑1 (MQ=255)
              gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata                                               >  1:543725/1‑69 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTTGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                            <  1:1510749/69‑1 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                            >  1:3161361/1‑69 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                            >  1:1231856/1‑69 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                                 <  1:1102767/62‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           >  1:961915/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           >  1:2630163/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           <  1:2040347/68‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           >  1:1480216/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           <  1:1880487/68‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           >  1:1782332/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                           >  1:1786310/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACAATATGGa                                           <  1:2468377/68‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:2355939/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:3033774/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:2427026/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:2409495/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:2367073/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:262571/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:1904611/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTATGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:1894921/69‑1 (MQ=255)
                       tGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                       <  1:2602493/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGAt                                    >  1:2344656/1‑69 (MQ=255)
                           tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:134520/69‑1 (MQ=255)
                           tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:2066487/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:2401249/68‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                                 <  1:756168/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                                 <  1:1390851/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                                 <  1:377724/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                                 <  1:1284198/69‑1 (MQ=255)
                            acGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                             <  1:2462010/40‑1 (MQ=21)
                              ggTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:3246168/68‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:2687396/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:1686048/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:38183/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:2069191/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:2392986/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:1125720/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                                <  1:770571/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGCATAGCa                                <  1:58545/67‑1 (MQ=255)
                                       ggAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:708741/57‑1 (MQ=255)
                                              ggTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac               <  1:2267912/69‑1 (MQ=255)
                                               gTCTGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac               <  1:2332925/68‑1 (MQ=255)
                                               gTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac               <  1:1940077/68‑1 (MQ=255)
                                               gTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac               <  1:3226102/68‑1 (MQ=255)
                                                tCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac               <  1:2412413/67‑1 (MQ=255)
                                                    gTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCg         <  1:687405/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTCCCGCGTACGCGACGATGCg         <  1:486692/69‑1 (MQ=255)
                                                     tCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:1638021/43‑1 (MQ=255)
                                                        tGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:2284373/69‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:547863/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:732337/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:668570/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:112009/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:1698940/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:3318503/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:19239/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa     <  1:271300/68‑1 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATAc    >  1:3378339/1‑68 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATAc    >  1:1289069/1‑68 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:1853418/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:1995460/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:1916692/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:190175/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:2915913/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:2937498/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:490393/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:1849447/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:3174054/1‑69 (MQ=255)
                                                          gTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACa   >  1:388652/1‑69 (MQ=255)
                                                            aCAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                                  <  1:861410/36‑1 (MQ=255)
                                                            |                                                                   
CTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACAT  >  minE/1941396‑1941523

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A