Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,953,425 |
C→A |
47.5% |
P228P (CCG→CCT) |
pepP ← |
proline aminopeptidase P II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,953,425 | 0 | C | A | 47.5%
| 20.3
/ 84.5
| 80 | P228P (CCG→CCT) | pepP | proline aminopeptidase P II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/10); new base A (19/19); total (51/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACATT > minE/1953365‑1953491
|
gTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcg > 1:2059373/1‑69 (MQ=255)
gTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcg > 1:819965/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:248489/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3018495/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1981111/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1931780/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3405945/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:2649791/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:742529/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1723330/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1612396/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1441913/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:820702/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1176788/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:257655/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:933391/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1131719/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgc > 1:1393170/1‑68 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacg > 1:27325/1‑67 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACAGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3113413/1‑69 (MQ=255)
tttCGGTGTAGTGCAAAATGAATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3267320/1‑69 (MQ=255)
ttCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcgcgc > 1:749506/1‑69 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2677608/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:609753/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2869560/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2972208/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:3274039/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2740246/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:636534/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:9048/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:998633/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:154025/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1848473/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2203246/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1328254/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2323047/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1214321/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2389771/69‑1 (MQ=255)
tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1143734/69‑1 (MQ=255)
gtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1056719/68‑1 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGc > 1:8173/1‑68 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:725433/1‑69 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:1115436/1‑69 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:3798/1‑69 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:3251082/1‑69 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:520699/1‑69 (MQ=255)
gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:1759660/1‑69 (MQ=255)
aaaTGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2585011/59‑1 (MQ=255)
aTGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAAt > 1:773798/1‑69 (MQ=255)
ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGaa > 1:3149414/1‑68 (MQ=255)
ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAAt > 1:892145/1‑69 (MQ=255)
ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAAt > 1:2626178/1‑69 (MQ=255)
gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:1936548/68‑1 (MQ=255)
gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:1861108/68‑1 (MQ=255)
gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:359821/68‑1 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCCCCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATgg > 1:697906/1‑61 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:1843372/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:247511/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2239215/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2437646/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2396230/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2330186/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2831163/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2296538/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2253243/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3414696/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3154190/1‑69 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:699665/1‑68 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:3148561/1‑68 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:996174/1‑68 (MQ=255)
ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCATTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3187589/1‑69 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:307434/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:670704/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:1825684/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:2356879/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:1163831/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:95787/66‑1 (MQ=255)
ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:3394952/66‑1 (MQ=255)
gACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACAtt > 1:3193624/1‑69 (MQ=255)
gACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACAt > 1:3333426/1‑68 (MQ=255)
|
GTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACATT > minE/1953365‑1953491
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
