Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,981,406 |
T→C |
24.9% |
A223A (GCA→GCG) |
yggR ← |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,981,406 | 0 | T | C | 24.9%
| 53.2
/ 14.6
| 48 | A223A (GCA→GCG) | yggR | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/5); new base C (7/5); total (38/10) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.37e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
CCGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCACGCAGCT > minE/1981348‑1981473
|
ccGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa < 1:271952/69‑1 (MQ=255)
ccGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa < 1:3421767/69‑1 (MQ=255)
ccGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa < 1:288339/69‑1 (MQ=255)
ccGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa < 1:3007357/69‑1 (MQ=255)
ccGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa < 1:3149476/69‑1 (MQ=255)
aaTCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCg > 1:1487125/1‑68 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACGAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:1689897/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:1292608/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:1339066/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:1669154/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:2798323/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:2239041/1‑69 (MQ=255)
caGTCGCTCAACTGCCTGCGCTGCGCCGCGCGTGTGTAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTgc > 1:2263659/1‑69 (MQ=255)
gCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa > 1:3366839/1‑48 (MQ=255)
gCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCa > 1:254347/1‑48 (MQ=255)
cAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCa > 1:3288223/1‑69 (MQ=255)
cAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCa > 1:1738684/1‑69 (MQ=255)
cAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCa > 1:348980/1‑69 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:3167540/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:2907789/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:379271/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:3338503/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:2543393/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:2469429/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:2445130/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:926931/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:906922/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:670572/1‑68 (MQ=255)
ctgcctgcGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGt > 1:618041/1‑68 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGtctc > 1:3266809/1‑68 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:617003/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:1035901/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:3304395/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:1960810/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:2257265/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:2325679/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCg > 1:2958745/1‑69 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTc > 1:29522/1‑66 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCa > 1:684219/1‑67 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCa > 1:990906/1‑67 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCa > 1:401940/1‑67 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCa > 1:3265013/1‑67 (MQ=255)
tAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCa > 1:1621772/1‑67 (MQ=255)
tAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGCGCCAGACGGATTGTCTCGCTATCACg < 1:2691919/69‑1 (MQ=255)
tAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGCGCCAGACGGATTGTCTCGCTATCACg < 1:1868044/69‑1 (MQ=255)
tAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGCGCCAGACGGATTGTCTCGCTATCACg < 1:826551/69‑1 (MQ=255)
tAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGCGCCAGACGGATTGTCTCGCTATCACg < 1:1441992/69‑1 (MQ=255)
tAATGTCGCCAGCACCAGATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGCGCCAGACGGATTGTCTCGCTATCACg < 1:1406740/69‑1 (MQ=255)
ttGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCCCGCAGct > 1:659618/1‑69 (MQ=255)
ttGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCACGCAGct > 1:1123070/1‑69 (MQ=255)
|
CCGGAAATGAATCCACCAGTCGCTCAACTGCCTGCGCGGCACCACGCGTATGTAATGTTGCCAGCACCAAATGCCCGGTTTCTGCCGCCGTCAGTGCCAGACGGATTGTCTCGCTGTCACGCAGCT > minE/1981348‑1981473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
