Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,987,180 |
G→A |
40.5% |
D181D (GAC→GAT) |
ansB ← |
periplasmic L‑asparaginase II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,987,180 | 0 | G | A | 40.5%
| 31.9
/ 50.1
| 74 | D181D (GAC→GAT) | ansB | periplasmic L‑asparaginase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/27); new base A (9/21); total (26/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
TGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGTCATTCATCACTACCAGCACGCCACGGTTGGCGGA > minE/1987113‑1987236
|
tGTAACCCAGAGGGCCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:2009044/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACg > 1:405872/1‑68 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:1581681/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:3033549/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:1465702/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:3337232/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:2950675/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:2616249/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:3427743/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:766089/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:229769/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:2251941/1‑69 (MQ=255)
tGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGt > 1:1034403/1‑69 (MQ=255)
ccAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACgg < 1:639423/68‑1 (MQ=255)
cAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACgg < 1:335946/67‑1 (MQ=255)
cAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGcc > 1:2395794/1‑69 (MQ=255)
cAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGcc > 1:803700/1‑69 (MQ=255)
ggACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCa > 1:2502326/1‑69 (MQ=255)
gTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGgt < 1:2252404/69‑1 (MQ=255)
gTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGgt < 1:1356038/69‑1 (MQ=255)
gTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGgt < 1:1262024/69‑1 (MQ=255)
gTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGgt < 1:1153027/69‑1 (MQ=255)
gTTAACAGACTTGAAGGGCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGgt < 1:2218233/69‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:3136646/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:3095842/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:3295647/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:3023779/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:273662/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:2598598/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:478128/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:730060/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:2367721/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:835019/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:966675/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:105095/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:2206986/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1059138/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:2202131/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1669795/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1260244/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1827249/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1898421/68‑1 (MQ=255)
tAACAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1143405/68‑1 (MQ=255)
aaCAGACTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGgtg < 1:1903173/67‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTTGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:796092/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:2336650/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:1139193/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:533661/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:1099761/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:1164135/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:884408/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:94880/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:1398320/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:1959533/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:283144/69‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcatt < 1:2974707/69‑1 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:328050/69‑1 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:320443/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:1061751/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:1072392/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:2723768/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:673904/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:550608/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:1188041/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttcat > 1:1708949/1‑69 (MQ=255)
cTTGAAGGTCGCTACATCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACATCACGGCCATCAAGCACGGTGtcgttca > 1:2032486/1‑68 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:1271925/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:1625732/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:1963894/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:1544812/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:3174165/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:2111446/60‑1 (MQ=255)
cGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGtcattcat < 1:2352474/60‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGTCATTCATCACTACCAGCACGCCACGGTTgg > 1:388691/1‑67 (MQ=255)
ggTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGTCATTCATCACTACCAGCACGCCACGGTTGGCGGa > 1:2859233/1‑69 (MQ=255)
|
TGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGCTACGTCGGTGGTGTTGGTTTTGGTGACGTCACGGCCATCAAGCACGGTGTCATTCATCACTACCAGCACGCCACGGTTGGCGGA > minE/1987113‑1987236
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
