Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,992,980 |
A→G |
36.9% |
T91T (ACA→ACG) |
nupG → |
nucleoside transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,992,980 | 0 | A | G | 36.9%
| 34.5
/ 39.5
| 65 | T91T (ACA→ACG) | nupG | nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/17); new base G (6/18); total (30/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 |
TATGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTGGGTTAATC > minE/1992921‑1993046
|
tatGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCg > 1:2749571/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGTTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:2504305/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:1079450/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:314084/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:247826/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:2173140/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGAt > 1:1691092/1‑69 (MQ=255)
tGCCATTTGCCACACCATTGGCCCTATCACGCAGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGTAAGCGAt > 1:1349554/1‑69 (MQ=255)
tGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCtt > 1:2835032/1‑69 (MQ=255)
tGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCtt > 1:2193784/1‑69 (MQ=255)
tGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCtt > 1:2095255/1‑69 (MQ=255)
cacaCCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTtgt < 1:131469/68‑1 (MQ=255)
gtcgcTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGAtt < 1:1008738/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGAtt < 1:1901855/69‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:2671378/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:898578/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:273500/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3014382/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3042181/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3078151/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3106324/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3148631/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3243267/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3274723/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:3317162/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:666582/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:672716/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:869498/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:182476/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:1970123/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:2084169/58‑1 (MQ=255)
aTCACGCTGTTCATGGCGGCAGAGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGatat < 1:1461256/58‑1 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTtat < 1:1180710/67‑1 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTtat < 1:1914254/67‑1 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTtat < 1:859169/67‑1 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTtat < 1:2903605/67‑1 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTatat > 1:2843502/1‑69 (MQ=255)
cATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTatat > 1:2712870/1‑69 (MQ=255)
gcggcACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTta > 1:3376850/1‑62 (MQ=255)
gcggcACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTta > 1:2039458/1‑62 (MQ=255)
gcggcACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCa > 1:360843/1‑69 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCg > 1:392784/1‑47 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCtt > 1:349294/1‑68 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCtt > 1:2820826/1‑68 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCtt > 1:2328050/1‑68 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTg > 1:2337267/1‑69 (MQ=255)
aGGTCACTACGCCGGAGGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTg > 1:1835383/1‑69 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:1145603/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:1305712/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:1983896/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:2725074/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:774260/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:2771771/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:2910011/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:3384343/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:606347/52‑1 (MQ=255)
ggTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCt < 1:351427/52‑1 (MQ=255)
gTCACGACAGCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACg > 1:1340033/1‑63 (MQ=255)
gTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACg > 1:1754046/1‑63 (MQ=255)
gTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACg > 1:1947414/1‑63 (MQ=255)
gTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACg > 1:3015991/1‑63 (MQ=255)
gTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACg > 1:1179107/1‑63 (MQ=255)
tCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTggg > 1:349222/1‑68 (MQ=255)
tCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTggg > 1:614999/1‑68 (MQ=255)
tCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTggg > 1:2944840/1‑68 (MQ=255)
acacCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTGGGTTAATc < 1:1311284/69‑1 (MQ=255)
|
TATGCCATTTGCCACACCATTGGCGCTATCACGCTGTTCATGGCGGCACAGGTCACGACACCGGAAGCGATGTTCCTTGTGATATTGATTAACTCGTTTGCTTATATGCCAACGCTTGGGTTAATC > minE/1992921‑1993046
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
