Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,081,478 |
C→T |
27.6% |
S391S (TCC→TCT) |
exuT → |
hexuronate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,081,478 | 0 | C | T | 27.6%
| 121.5
/ 43.8
| 109 | S391S (TCC→TCT) | exuT | hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/53); new base T (15/15); total (41/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCGCATG > minE/2081421‑2081537
|
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:1867880/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:2071409/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:757538/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:2220682/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:1309537/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:3107374/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:241163/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:2808409/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCgg > 1:2616781/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTgg > 1:125993/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTgg > 1:3331605/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTgg > 1:1342361/1‑69 (MQ=255)
gtgtATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTgg > 1:2523629/1‑69 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTc > 1:900059/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTc > 1:2118432/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTc > 1:2993862/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTc > 1:3151810/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTc > 1:8392/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTc > 1:2648149/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTc > 1:1526877/1‑68 (MQ=255)
tATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTc > 1:1686225/1‑68 (MQ=255)
ggttgtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:3320665/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:2939236/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:2477678/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:2318608/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:2222399/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:1988075/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:972131/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:1566260/1‑68 (MQ=255)
ggtggtTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTaa > 1:1209940/1‑68 (MQ=255)
caGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGa > 1:422306/1‑38 (MQ=255)
caGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa > 1:3097923/1‑69 (MQ=255)
caGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa > 1:1322873/1‑69 (MQ=255)
caGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa > 1:1168588/1‑69 (MQ=255)
aaGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa > 1:309837/2‑69 (MQ=255)
tGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa < 1:781661/62‑1 (MQ=255)
tGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa < 1:2450578/62‑1 (MQ=255)
tGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCa < 1:2350468/62‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAAcctg < 1:2064335/68‑3 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:3047598/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:1863328/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:1842366/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:2687447/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:163318/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:235173/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:1913754/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:895870/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:619446/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:1751294/68‑1 (MQ=255)
gcgcTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:526850/68‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:730705/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:2715293/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:295550/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:157349/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:2413410/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:36566/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:3384404/69‑1 (MQ=255)
cTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATg < 1:1762067/69‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:130276/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:3196470/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:3247277/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:1298611/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:596988/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:2927271/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:609944/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:633913/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:1429069/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:2521632/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:1652639/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:1711200/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:843209/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCTGACGTGTTCGGTCGTAACGAAg < 1:1961659/35‑1 (MQ=25)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:1265906/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:496727/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:3361979/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:1058772/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:3286756/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:3250955/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:3172421/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:1770658/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:2245233/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:1468695/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:266409/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:2816305/55‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:1267036/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:1979694/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:1771527/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:787002/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:2846206/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:2901415/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:1394615/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:308845/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:1312523/68‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:3114421/68‑1 (MQ=255)
tACGCCCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:3433229/68‑1 (MQ=255)
aCGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCg < 1:3165976/67‑1 (MQ=255)
cGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCgg < 1:1422660/58‑1 (MQ=255)
ctctctTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCTCAtg < 1:627973/68‑1 (MQ=255)
ccGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:453981/44‑1 (MQ=255)
ccGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTa < 1:1785027/44‑1 (MQ=255)
|
GTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGTGTTTGGTCGTAACGAAGTGGCAACGGCAAACGGTTTAACCGGGATGTCCGCATG > minE/2081421‑2081537
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
