Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,086,957 |
T→C |
28.3% |
T244T (ACT→ACC) |
yqjG → |
predicted S‑transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,086,957 | 0 | T | C | 28.3%
| 90.0
/ 37.7
| 88 | T244T (ACT→ACC) | yqjG | predicted S‑transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/46); new base C (12/13); total (29/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCAGCATCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGC > minE/2086900‑2087009
|
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:2167842/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:38267/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:1924548/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:1463582/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:210253/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:2255797/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:2256787/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:3301912/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:2906345/68‑1 (MQ=255)
tcAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:2755820/68‑1 (MQ=255)
cAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:1452654/68‑1 (MQ=255)
cAGCACCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:667833/68‑1 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTa > 1:1042050/1‑51 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:3277810/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:1715025/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:3395241/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:1747037/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:343811/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:597997/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTAc > 1:702477/1‑52 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATc > 1:1204382/1‑69 (MQ=255)
gTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATc > 1:1537668/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:3073471/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:2313008/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:617087/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:3231920/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1249395/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1994532/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1428413/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1508247/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:368818/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1686776/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:1194042/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCGTTTTGATCCAGTGTATGTGAcc > 1:2903616/1‑69 (MQ=255)
aCCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACCACGCTGGTGCg < 1:269899/38‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:337090/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:3242626/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:1359847/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:478329/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:716751/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:1389234/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:1422820/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:3418940/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:1660144/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:1618315/67‑1 (MQ=255)
cGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAg < 1:161644/67‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:3274645/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:3192310/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:3379677/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:2976341/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:2364154/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:2769019/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:1369796/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:1708972/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:251723/69‑1 (MQ=255)
ccGATATTCGCCTGTGCACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATa < 1:2591990/69‑1 (MQ=255)
atatTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAga < 1:2093009/69‑2 (MQ=255)
atatTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGc < 1:287687/69‑1 (MQ=255)
atatTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGc < 1:785512/69‑1 (MQ=255)
atatTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGc < 1:563850/69‑1 (MQ=255)
atatTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGc < 1:3272444/69‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:3166521/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:1342418/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:2299966/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:2224012/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:2743181/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:3161528/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:1912840/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:3122962/46‑1 (MQ=255)
atTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGa < 1:1552102/46‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:2811865/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:2366424/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:760072/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:2644220/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:1510671/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:402511/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:1703018/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:1950460/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:2335858/38‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:2349234/38‑1 (MQ=255)
tCGCCTGTTGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGgtg < 1:3375848/37‑1 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:695292/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:2549131/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:515790/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:475136/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:1597276/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:1299258/1‑38 (MQ=255)
cGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTa > 1:1157501/1‑38 (MQ=255)
|
CCAGCATCGTTACCTGACCGGCAACCAGCTAACCGAAGCCGATATTCGCCTGTGGACTACGCTGGTGCGTTTTGATCCGGTGTATGTGACCCACTTCAAGTGTGATAAGC > minE/2086900‑2087009
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
