Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,156,416 |
G→A |
42.1% |
G144G (GGC→GGT) |
obgE ← |
GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,156,416 | 0 | G | A | 42.1%
| 21.7
/ 45.3
| 64 | G144G (GGC→GGT) | obgE | GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/22); new base A (12/15); total (27/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCAACATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGT > minE/2156351‑2156480
|
cccAACATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCg > 1:2999075/1‑69 (MQ=255)
aCATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTgg < 1:2780189/69‑1 (MQ=255)
aCATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTgg < 1:211713/69‑1 (MQ=255)
aCATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTgg < 1:286534/69‑1 (MQ=255)
tACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGttt > 1:112205/1‑69 (MQ=255)
tACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGttt > 1:717045/1‑69 (MQ=255)
tACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGttt > 1:953166/1‑69 (MQ=255)
tACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGttt > 1:1960508/1‑69 (MQ=255)
tACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGttt > 1:940303/1‑69 (MQ=255)
tCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTaa > 1:1870657/1‑69 (MQ=255)
tCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTaa > 1:727381/1‑69 (MQ=255)
tCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTaa > 1:1871465/1‑69 (MQ=255)
tCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTaa > 1:2706274/1‑69 (MQ=255)
tCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGGTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTaa > 1:2492928/1‑69 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:3076579/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:3373689/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:3396198/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:2441776/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:2868152/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:283867/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:2314784/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:1914522/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:180459/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:1518374/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:987447/65‑1 (MQ=255)
aGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGtt < 1:101426/65‑1 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACgg < 1:2139456/68‑1 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCCCGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCcgt > 1:1095449/1‑51 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTc > 1:986472/1‑46 (MQ=38)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGtt > 1:1496113/1‑63 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:525244/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:3408871/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:735507/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:760635/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:989330/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:1049433/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:2424796/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAActg > 1:1867218/1‑66 (MQ=255)
cTCCAGCAGCAGCTCACGCTTATCGCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAAct > 1:2654424/1‑66 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:553358/1‑69 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3296405/1‑69 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGCTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3188072/1‑69 (MQ=255)
agcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaaa > 1:2267726/1‑69 (MQ=255)
cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:898731/69‑1 (MQ=255)
cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:1316631/69‑1 (MQ=255)
cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:1250715/67‑1 (MQ=255)
cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:2073098/67‑1 (MQ=255)
gCCCTGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327599/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:369676/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:764190/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1753333/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:193438/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1075850/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2029854/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:650685/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2194750/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327774/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3339155/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2424056/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3007254/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2470731/68‑1 (MQ=255)
cccGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3427035/67‑1 (MQ=255)
gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3355/69‑1 (MQ=255)
gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3064786/69‑1 (MQ=255)
|
CCCAACATACCGACGTCAGCCAGCAGCATCAGCTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGT > minE/2156351‑2156480
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
