Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,165,946 |
G→A |
42.6% |
V193V (GTG→GTA) |
yrbG → |
predicted calcium/sodium:proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,165,946 | 0 | G | A | 42.6%
| 30.7
/ 65.0
| 89 | V193V (GTG→GTA) | yrbG | predicted calcium/sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/16); new base A (15/23); total (50/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.29e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
CCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCT > minE/2165885‑2166005
|
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:2140753/68‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:1722647/68‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:359876/68‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:2352484/68‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:2542592/68‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:1070418/68‑1 (MQ=255)
tttATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGAt < 1:671453/58‑1 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAAc > 1:1972096/1‑49 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCa > 1:969927/1‑53 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAAtt > 1:2298168/1‑68 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:3092377/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:2279298/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:991939/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:2034563/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:1934630/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:1923835/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:1805569/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:2925914/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:741680/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:698409/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:1582455/1‑69 (MQ=255)
cATCGCACTGATCATTATGACAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:1233615/1‑69 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:1176288/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt > 1:2663687/1‑53 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:212241/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:3401437/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:3405327/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:343457/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt > 1:1497917/1‑53 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt > 1:1901462/1‑53 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt > 1:188690/1‑53 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:2410435/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:2964565/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGt < 1:3266276/53‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACttt > 1:2625915/1‑69 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACttt > 1:2170594/1‑69 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACttt > 1:141205/1‑69 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACttt > 1:257406/1‑69 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACtt > 1:1011016/1‑68 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATGACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1233089/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3134376/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1147671/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2759993/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2621024/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2821424/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2942036/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3054942/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3050446/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3377197/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3342330/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1663874/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:792098/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2051201/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1622342/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:573238/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1816766/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1809127/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1663560/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:651793/66‑1 (MQ=255)
ctgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:1738530/66‑1 (MQ=255)
actATCATTATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:2390119/67‑1 (MQ=255)
tgatcattATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTAGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 1:3196358/66‑1 (MQ=255)
catGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGa > 1:1784045/1‑69 (MQ=255)
catGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGa > 1:477614/1‑69 (MQ=255)
catGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGa > 1:2267971/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGTCCACGCGGATGGTGGATGATAACGCCACGGTGCTGCCGAATTACt > 1:1070153/1‑52 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAg > 1:347684/1‑66 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGtt > 1:2489814/1‑68 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGtt > 1:1504533/1‑68 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:922405/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:3224813/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:801473/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:2737184/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCAAGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:3225409/1‑69 (MQ=255)
ccAGTGGCCACGCGCATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTg > 1:1824500/1‑69 (MQ=255)
aGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAc < 1:3047291/69‑1 (MQ=255)
gCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:2019960/1‑69 (MQ=255)
gCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:757450/1‑69 (MQ=255)
gCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:146761/1‑69 (MQ=255)
gCCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:3084077/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCTAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:3414676/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGt > 1:2297457/1‑67 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:269544/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:2057875/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:1658396/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:1653560/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:2082437/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:210664/1‑69 (MQ=255)
gcgGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 1:1359700/1‑69 (MQ=255)
|
CCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCT > minE/2165885‑2166005
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
