Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,299,044 |
A→G |
21.3% |
G82G (GGT→GGC) |
metF ← |
5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,299,044 | 0 | A | G | 21.3%
| 135.1
/ 27.7
| 98 | G82G (GGT→GGC) | metF | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/57); new base G (8/13); total (28/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 |
GCGTGCAATGGTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCG > minE/2298978‑2299095
|
gcgTGCAATGGTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGAcc > 1:2021239/1‑69 (MQ=255)
gcgTGCAATGGTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGAcc > 1:2483101/1‑69 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2254162/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2260360/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2156610/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2500609/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2821512/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:1353967/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:1665872/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2915020/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:385707/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:539885/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:2060743/1‑68 (MQ=255)
gTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATc > 1:878360/1‑68 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCTGTGCGATCttt < 1:595193/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:2139860/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:1776993/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:2215882/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:1840146/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:1956466/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:2340922/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:2401640/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:2535977/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:914827/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCttt < 1:961409/69‑1 (MQ=255)
cgtcgGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCt > 1:2838058/1‑68 (MQ=255)
cgtcgGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCt > 1:1133016/1‑68 (MQ=255)
cgtcgGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGACt > 1:709119/1‑68 (MQ=255)
cgGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCttt < 1:2148962/67‑1 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCttt > 1:1118172/3‑67 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:3281740/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:2375432/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:1379138/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:3080387/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:1357957/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:1354139/3‑68 (MQ=255)
caggCGTCGCATCAATGCAGGTAAGATGAGGTGCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTta > 1:286227/3‑68 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1151487/69‑1 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:844952/69‑1 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1485690/69‑1 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:962703/69‑1 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1953389/69‑1 (MQ=255)
gggCGTCGCATCAAAGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGGCCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:767824/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:2855054/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:2861602/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:2882498/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:253166/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:658315/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:3118391/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:547134/69‑1 (MQ=255)
gCGTCGCATCAATGCAACTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:69818/67‑1 (MQ=255)
gCGTCGAATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaataa < 1:3042218/69‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:1979946/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:1213316/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:1768193/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:2244810/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:2595883/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:1663798/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:1599021/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCg < 1:2196736/35‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2462790/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:3226658/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2036846/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:219880/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:151041/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:223946/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2811269/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1434148/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2488026/53‑1 (MQ=255)
cAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1118555/53‑1 (MQ=255)
aaGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2558360/52‑1 (MQ=255)
tAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:2190415/49‑1 (MQ=255)
tAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgc > 1:2832726/1‑69 (MQ=255)
tAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgc > 1:2316589/1‑69 (MQ=255)
tAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgc > 1:628827/1‑69 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:655942/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:1082900/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:553854/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:2003736/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:1397343/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:2442959/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:1351706/69‑1 (MQ=255)
aaGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:1262500/69‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCttt < 1:324454/37‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:1557338/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:1386428/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:1365855/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:838870/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:1161285/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:2973243/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:3118007/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:3150378/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:610898/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:332334/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCCGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:1248530/63‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCAGGCAGGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCg < 1:3362113/63‑1 (MQ=255)
ccGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTtaat < 1:1298043/37‑1 (MQ=255)
cTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTcgcg < 1:998570/55‑1 (MQ=255)
|
GCGTGCAATGGTGCGCAGCTCGTCGGGCGTCGCATCAATGCAAGTAAGATGCGGTGCCGCTTCCAGACCAGTGCGATCTTTAATGCCTTTAATAATGCTGTGCGTACGGTCGCGCTCG > minE/2298978‑2299095
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
