Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,458,264 |
A→G |
35.1% |
T87T (ACA→ACG) |
hsrA → |
predicted multidrug or homocysteine efflux system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,458,264 | 0 | A | G | 35.1%
| 49.1
/ 42.1
| 74 | T87T (ACA→ACG) | hsrA | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/32); new base G (16/10); total (32/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 |
CGGATGGCTAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTATTCAGGG > minE/2458201‑2458332
|
cGGATGGCTAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTggg < 1:2164734/69‑1 (MQ=255)
cGGATGGCTAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTggg < 1:3061661/69‑1 (MQ=255)
cGGATGGCTAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTggg < 1:1712387/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTctct > 1:455176/1‑67 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTgg > 1:2637271/1‑69 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTgg > 1:2311980/1‑69 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTgg > 1:300152/1‑69 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTgg > 1:1744672/1‑69 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTgg > 1:588094/1‑69 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTg < 1:2125131/68‑1 (MQ=255)
tAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTg < 1:815616/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:2289502/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:3005162/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:2264535/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:3128683/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:2297219/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:2580738/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:2415009/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:1618279/68‑1 (MQ=255)
gTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCt < 1:1447389/68‑1 (MQ=255)
tACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTaa > 1:1371588/1‑69 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:1072107/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:3231543/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:3419528/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:3002954/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:533050/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:2720724/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:665535/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:2656485/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:776250/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:782090/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:992773/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:1530771/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:227969/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:2219100/1‑37 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTtct > 1:621006/1‑36 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAg > 1:3041936/1‑69 (MQ=255)
tttACCCTTGCCGTGAGACTGTTCACGTTGGGTtctc > 1:85256/1‑37 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:1716105/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:2308478/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:1321998/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:1741026/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:2863664/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:3207075/49‑1 (MQ=255)
ttACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACt < 1:797385/49‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:461376/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:1270666/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:3087410/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:2302311/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:2936927/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:2529689/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:882630/69‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGtt < 1:2342374/69‑1 (MQ=255)
tCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGt < 1:221571/69‑1 (MQ=255)
cTGTTCACGTTGTGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAACTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt < 1:3291867/69‑1 (MQ=255)
cTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAACTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt < 1:3055272/69‑1 (MQ=255)
cTGTTCACGTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAACTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt < 1:2736247/69‑1 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCt > 1:2769178/1‑53 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:3031386/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:115361/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:3365619/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:1789091/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:2914354/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:3095649/1‑69 (MQ=255)
cTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGtt > 1:1598352/1‑69 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:920032/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:155847/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:43465/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:373603/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:3025956/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:291400/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:2381894/69‑1 (MQ=255)
tGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:2409101/69‑1 (MQ=255)
gTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTa < 1:3258578/68‑1 (MQ=255)
cacaTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTAtt < 1:3115863/67‑1 (MQ=255)
cacaTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTAtt < 1:1193275/67‑1 (MQ=255)
aTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTATTCAggg < 1:1069495/69‑1 (MQ=255)
aTTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTATTCAggg < 1:2535704/69‑1 (MQ=255)
|
CGGATGGCTAGCCGATCGCTTCGGTACGCGTCGCATTTTTACCCTTGCCGTGAGTCTGTTCACATTGGGTTCTCTGGCCTGCGCACTTTCTAATTCGCTACCACAGCTGGTTGTCTTCCGGGTTATTCAGGG > minE/2458201‑2458332
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
