Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,483,746 |
A→G |
50.0% |
T250T (ACT→ACC) |
trmE ← |
GTPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,483,746 | 0 | A | G | 50.0%
| ‑3.0
/ 76.4
| 84 | T250T (ACT→ACC) | trmE | GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/4); new base G (11/31); total (49/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGCAGCGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAGCGCGTTTAACAGGCTCGATT > minE/2483695‑2483810
|
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2986700/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1861032/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2368664/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2374500/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2452629/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2610596/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2675568/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2847362/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2930066/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2939923/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1129975/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:3150299/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:3222244/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:3332015/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:40589/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:73536/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:769600/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:860238/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:894208/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:914438/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1580882/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1349219/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1030443/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1602785/69‑1 (MQ=255)
atGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1777396/69‑1 (MQ=255)
tGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2377154/68‑1 (MQ=255)
tGCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:536755/68‑1 (MQ=255)
gCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1752595/67‑1 (MQ=255)
gCAACGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:1518085/67‑1 (MQ=255)
gCGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACg < 1:2620192/68‑1 (MQ=255)
gCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:317223/61‑1 (MQ=255)
cATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGc < 1:254014/69‑1 (MQ=255)
cATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGc < 1:1292899/69‑1 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGTTTACGATTGCCGc > 1:2353269/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGcctc > 1:1987617/1‑66 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:3114280/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:2903487/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:2927472/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:2755458/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:27416/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:2780720/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:3172414/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:3238042/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:1406908/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:479401/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:625139/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:626958/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:1155459/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:1650047/1‑68 (MQ=255)
ccGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGc > 1:1914656/1‑68 (MQ=255)
tgtgGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGcc > 1:854074/1‑69 (MQ=255)
tgtgGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGcc > 1:624684/1‑69 (MQ=255)
tgtgGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGc > 1:400224/1‑68 (MQ=255)
gtgGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGccc < 1:2685366/69‑1 (MQ=255)
tgGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGcccc > 1:2234958/1‑69 (MQ=255)
atatGCTCACGCAGCACGTCACGCGTGGTTCCGGCGATATCGGt < 1:2205906/44‑1 (MQ=255)
atGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAg > 1:1736714/1‑69 (MQ=255)
atGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAg > 1:3032997/1‑69 (MQ=255)
atGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAg > 1:2204393/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGata > 1:1945206/1‑36 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCa > 1:614259/1‑67 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:2111048/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1373395/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1845480/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1176805/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1409406/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:3234065/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1713585/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:1651269/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAgc > 1:2628494/1‑69 (MQ=255)
tGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCCCTTAACGCCCCGCCAg > 1:2331479/1‑68 (MQ=255)
aCGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAGCGCGTTTAACAGGCTCg > 1:1430580/1‑68 (MQ=255)
aCGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAGCGCGTTTAACAGGCTCGa > 1:219092/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:2228220/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:2311348/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:3100056/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:918517/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:1692164/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:2621946/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:1810985/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAt > 1:2877876/1‑68 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGCGTTCAGCAGGCTCGAt > 1:2048095/1‑68 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGAGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:1579178/1‑69 (MQ=255)
gcgTGGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCTGCTTCACGGCCCGCCAGCGAGTTCAGCAGGCTCGAtt > 1:964382/1‑69 (MQ=255)
|
ATGCAGCGGCATTCCGTCAATGTGGATATGCTCACGCAGCACGTCACGCGTAGTTCCGGCGATATCGGTTACGATTGCCGCTTCACGCCCCGCCAGCGCGTTTAACAGGCTCGATT > minE/2483695‑2483810
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
