Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,575,885 |
A→G |
43.8% |
V520V (GTA→GTG) |
glyS → |
glycine tRNA synthetase, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,575,885 | 0 | A | G | 43.8%
| 28.9
/ 102.4
| 127 | V520V (GTA→GTG) | glyS | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/52); new base G (36/19); total (55/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATACC > minE/2575817‑2575951
|
cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTa > 1:603254/1‑69 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:538395/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3392923/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3192420/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:204046/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3031469/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1582012/68‑1 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:522237/1‑69 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2162804/1‑69 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2284143/1‑69 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2803865/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1852396/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1953432/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1966772/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2331240/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2555740/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2705100/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1091088/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3062503/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:675554/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:947011/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:97867/1‑68 (MQ=255)
ccGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1238307/54‑1 (MQ=255)
tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1628033/1‑69 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:2349632/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:306422/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:887786/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1783331/1‑69 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATTCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2567687/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1743845/68‑2 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1492207/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2617712/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1967913/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:944810/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1696816/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3024256/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1304114/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1373532/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2198278/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1834727/68‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCTACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTAGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3147531/67‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2339062/67‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:366804/67‑1 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2775248/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2770706/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1274057/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2623854/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:307633/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:3245841/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1150618/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:252361/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2615701/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1106274/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:50883/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2187884/4‑69 (MQ=255)
aacgCCAACGTGGTTGATGATGATATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAg > 1:2967025/4‑63 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:651976/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:626554/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:803623/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:603955/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1185174/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:789581/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3388790/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:582194/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:355645/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:47945/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:413059/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:775526/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:313865/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3090200/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1766031/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:858087/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2840900/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1368866/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2593033/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2492678/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2467510/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3145334/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1027047/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1661576/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:171748/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2019436/69‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCCACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2089741/69‑1 (MQ=255)
ccAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2416949/68‑1 (MQ=255)
acAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt > 1:1705949/2‑68 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:717683/69‑1 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:8769/69‑1 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1304808/69‑1 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1231038/69‑1 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:402800/69‑1 (MQ=255)
aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1308664/69‑1 (MQ=255)
aCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:3285477/68‑1 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAgg > 1:329841/1‑62 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:632521/1‑69 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:870490/69‑1 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:154809/1‑69 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1975007/69‑1 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1858207/69‑1 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1849903/69‑1 (MQ=255)
gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:1777936/1‑69 (MQ=255)
|
CTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATACC > minE/2575817‑2575951
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
