Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,612,737 |
G→A |
69.2% |
T262T (ACC→ACT) |
nikA ← |
nickel transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,612,737 | 0 | G | A | 69.2%
| 71.3
/ 38.9
| 81 | T262T (ACC→ACT) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/17); new base A (19/37); total (27/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
AGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGT > minE/2612669‑2612798
|
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:2259547/69‑1 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:1729603/69‑1 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:3016267/69‑1 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:2784001/69‑1 (MQ=255)
tATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa < 1:956414/69‑1 (MQ=255)
tATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa < 1:213065/69‑1 (MQ=255)
ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAg > 1:1182166/1‑69 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGgtgt < 1:1785120/44‑1 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGgtgt < 1:400994/44‑1 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGgtgt < 1:1681151/44‑1 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGgtgt < 1:3060257/44‑1 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGc > 1:2239095/1‑68 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2736197/1‑69 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2732129/1‑69 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:1470248/1‑69 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:1445227/1‑69 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2976949/1‑69 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2724266/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2192878/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2380933/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2494381/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:596635/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:1701180/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:309670/69‑1 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGATCGACTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2985562/69‑1 (MQ=255)
aGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:1097412/68‑1 (MQ=255)
gCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAgg < 1:1361483/69‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1555326/1‑69 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:272709/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:540708/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:2919102/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:26792/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:639605/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1044221/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:880783/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:212251/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1376367/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1453911/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1567529/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:143783/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1409952/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:136238/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1268202/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1031463/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:201786/48‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:211723/48‑1 (MQ=255)
cGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1360511/47‑1 (MQ=255)
cGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:3032881/47‑1 (MQ=255)
aTCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1953418/39‑1 (MQ=38)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:3220031/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:161156/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:3011788/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1381453/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:571286/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2762054/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2746329/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1110846/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1743678/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2496129/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:695174/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:19128/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:197009/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1084807/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2171863/68‑1 (MQ=255)
tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2150262/68‑1 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:97439/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1246634/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:665877/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:857789/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:505601/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:487498/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1318010/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:355158/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:3347979/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:2695286/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:2616254/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1984307/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCCAGCGGTAATAAc > 1:842654/1‑69 (MQ=255)
ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCCGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:211917/1‑69 (MQ=255)
aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCg > 1:188409/1‑41 (MQ=38)
aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:3334425/1‑69 (MQ=255)
aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:139965/1‑69 (MQ=255)
aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:1732444/1‑69 (MQ=255)
aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:2145737/1‑69 (MQ=255)
tGGGTGTGGTAAGCCTGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2297188/38‑1 (MQ=255)
|
AGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGT > minE/2612669‑2612798
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
