Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,623,819 |
G→A |
77.4% |
A292T (GCG→ACG) |
ftsY → |
fused Signal Recognition Particle (SRP) receptor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,623,819 | 0 | G | A | 77.4%
| 114.2
/ 26.8
| 88 | A292T (GCG→ACG) | ftsY | fused Signal Recognition Particle (SRP) receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/8); new base A (57/11); total (69/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 |
GAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTAAA > minE/2623762‑2623863
|
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:1062365/69‑1 (MQ=255)
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:1767111/69‑1 (MQ=255)
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:455365/69‑1 (MQ=255)
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:466257/69‑1 (MQ=255)
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:1396391/69‑1 (MQ=255)
gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCAGTTtgtg < 1:2827892/69‑1 (MQ=255)
aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc > 1:417725/1‑69 (MQ=255)
aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc > 1:2899491/1‑69 (MQ=255)
aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc > 1:300393/1‑69 (MQ=255)
aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc > 1:1134773/1‑69 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGa > 1:2780228/1‑58 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:841479/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:1989250/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:3323375/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:3274581/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:2223566/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:1699980/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt > 1:2888793/1‑59 (MQ=255)
gAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCTAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACgg < 1:1472494/69‑1 (MQ=255)
aaGTCTATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:2432066/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:1218835/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:759380/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:823000/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:3118444/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:1090585/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:1655667/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:24681/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:1624306/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:2513827/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg < 1:941235/69‑1 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2935535/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1003768/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2779196/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2557869/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2609971/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:395744/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:838216/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1521791/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1527355/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:447440/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1753685/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1802290/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:406128/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2059500/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATACTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:1084573/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGATGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2801075/1‑69 (MQ=255)
aGTCGATGAGCCGATGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt > 1:2805039/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTggg > 1:1337889/1‑68 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:977671/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:3040901/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:459320/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:464706/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:2858491/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:540032/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:723545/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1036214/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1214907/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1300511/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:2397714/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1586646/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1631728/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:2295042/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1875270/1‑69 (MQ=255)
gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:194273/1‑69 (MQ=255)
tGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg < 1:2688141/37‑1 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGAtggt > 1:2070419/1‑47 (MQ=37)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGGGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1408866/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt > 1:1015085/1‑66 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:2446716/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:2815167/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:261014/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:90667/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1124284/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1172368/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1247292/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1287321/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:584894/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1878826/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:499929/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1405426/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:2988945/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1451627/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:2390347/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:3057760/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:420462/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:1725196/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa > 1:31814/1‑69 (MQ=255)
gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaa > 1:2514914/1‑68 (MQ=255)
|
GAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTAAA > minE/2623762‑2623863
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
