Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,648,456 |
C→T |
43.5% |
P288P (CCC→CCT) |
glgB → |
1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,648,456 | 0 | C | T | 43.5%
| 17.0
/ 45.3
| 62 | P288P (CCC→CCT) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/21); new base T (6/21); total (20/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.08e-01 |
CGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCGCCAAC > minE/2648399‑2648518
|
cGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAg < 1:1161464/67‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:3223849/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2743540/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2730812/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2569682/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2558836/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2208749/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1586379/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2046223/69‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATTGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGGATCCCTTc < 1:1589817/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2059503/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1927873/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:168202/68‑1 (MQ=255)
ccTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCAt < 1:998065/57‑1 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:3240086/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:1958128/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2071725/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2509653/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2438107/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2270464/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:2914651/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:15485/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:536401/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:916888/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCAtt > 1:1415229/1‑41 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:264364/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1176829/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:212233/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:2109974/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1683382/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTgg > 1:786808/1‑68 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCACTTCGATGGCAGTTgg > 1:2135671/1‑68 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3211231/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3169264/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1834117/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3096251/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3235109/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3352901/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:742965/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:928276/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:975960/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1158374/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2500074/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1608531/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1466150/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2272190/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2373106/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3007233/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2571652/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1347435/69‑1 (MQ=255)
ccTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1452300/67‑1 (MQ=255)
tCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg > 1:2802298/1‑65 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:3338373/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:515780/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:663141/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:747130/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:791586/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:2202039/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:1588496/68‑1 (MQ=255)
gctactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:2908410/68‑1 (MQ=255)
tactGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCAcc < 1:1321188/67‑1 (MQ=255)
ctGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCGCCAAc > 1:343976/1‑68 (MQ=255)
|
CGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTGTATGCGCCAAC > minE/2648399‑2648518
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
