Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,825,787 |
G→A |
36.0% |
T306T (ACC→ACT) |
dipZ ← |
fused thiol:disulfide interchange protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,825,787 | 0 | G | A | 36.0%
| 38.9
/ 34.1
| 61 | T306T (ACC→ACT) | dipZ | fused thiol:disulfide interchange protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/26); new base A (14/8); total (27/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-02 |
CCGCCGCCCAGCCACATGTTCCCGCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGCCAG > minE/2825725‑2825845
|
ccgccgccCAGCCACATGTTCCCGCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGgtggtg < 1:2443065/69‑1 (MQ=255)
ccgccgccCAGCCACATGTTCCCGCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGgtggtg < 1:1799788/69‑1 (MQ=255)
gTTCCCGCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAgcggtgcggt < 1:202969/48‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:2407317/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:972315/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:486436/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:3316062/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:2049461/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:2035879/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:1270408/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGc < 1:1756830/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCa < 1:92807/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCa < 1:51668/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCa < 1:336113/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCa < 1:147789/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCa < 1:2226989/69‑1 (MQ=255)
ggCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATg < 1:2070435/44‑1 (MQ=255)
ggCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCg < 1:752093/68‑1 (MQ=255)
ggCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCg < 1:3222049/68‑1 (MQ=255)
ggCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCg < 1:2227291/68‑1 (MQ=255)
cGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGcc > 1:3092998/1‑68 (MQ=255)
gATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGcccc < 1:2958265/69‑1 (MQ=255)
ataCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:2716192/1‑69 (MQ=255)
ataCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:2535062/1‑69 (MQ=255)
taaagcagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:869170/4‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:2014345/1‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:2212081/1‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:2969655/1‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:943263/1‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCAt > 1:391725/1‑68 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATa < 1:1893645/69‑1 (MQ=255)
taCAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATa < 1:2971533/69‑1 (MQ=255)
aCAGCAGAATCGCTCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATa < 1:1352955/68‑1 (MQ=255)
cagcagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaa > 1:2354738/1‑68 (MQ=255)
cagcagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaa > 1:213518/1‑68 (MQ=255)
cagcagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaa > 1:1996506/1‑68 (MQ=255)
cagcagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaa > 1:2125103/1‑68 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:1799776/69‑1 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:456470/69‑1 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:1685463/69‑1 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:2071601/69‑1 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:2287685/69‑1 (MQ=255)
cagAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:2778800/69‑1 (MQ=255)
agAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaacaaa < 1:752747/68‑1 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:388386/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:822730/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:593032/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:1903891/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:1525488/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:1670408/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:1965752/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:3360791/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:2987891/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:3306395/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:2026123/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:3210513/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:3140939/1‑69 (MQ=255)
gAATCGCGCTAAGCGGTGCAGTGGTGCATGGTGAACAGATAAGTCCGGCAATCGCCCCCATaataaaca > 1:380565/1‑69 (MQ=255)
gcTAAGCGGTGCGGTGTTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGcc < 1:1175828/69‑1 (MQ=255)
tAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGCCAg < 1:3200568/69‑1 (MQ=255)
tAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGCCAg < 1:2285495/69‑1 (MQ=255)
aaGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGCCAg < 1:1596643/68‑1 (MQ=255)
ggtggtGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATa < 1:1678516/43‑1 (MQ=255)
|
CCGCCGCCCAGCCACATGTTCCCGCTTTGGGCGATATACAGCAGAATCGCGCTAAGCGGTGCGGTGGTGCATGGTGAACAGATCAGTCCGGCAATCGCCCCCATAACAAACACACCGCCAG > minE/2825725‑2825845
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
