Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,911,207 |
G→A |
43.4% |
Q733Q (CAG→CAA) |
mgtA → |
magnesium transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,911,207 | 0 | G | A | 43.4%
| 37.4
/ 88.5
| 115 | Q733Q (CAG→CAA) | mgtA | magnesium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/49); new base A (23/27); total (39/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-02 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTCGACGACG > minE/2911139‑2911262
|
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:2929084/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg > 1:131407/1‑69 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:1101344/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:3000355/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg > 1:858218/1‑69 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:27810/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2394066/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:1341010/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:463493/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2771051/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:462112/68‑1 (MQ=255)
cTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACctgctg > 1:785235/1‑69 (MQ=255)
ggTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:106910/59‑1 (MQ=255)
ggTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2238695/59‑1 (MQ=255)
ggTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2901522/59‑1 (MQ=255)
gTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2011649/58‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:2298884/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1793268/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:292117/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:145394/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1034909/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1299877/67‑1 (MQ=255)
aGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:1121932/51‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATTTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:570129/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2070080/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:1044032/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2877902/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:388506/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:431016/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:952186/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:1287995/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:566303/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2684975/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:1777772/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2418247/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2418282/69‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:231220/68‑1 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:2819312/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:870716/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:1500311/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:707430/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:69370/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:1855866/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTca > 1:2095117/1‑68 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:5824/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:674512/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:763540/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:3195171/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:1348891/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:2691474/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:2709133/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:1112619/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:958111/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGACCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:511774/68‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3429415/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3016799/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3257917/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3117193/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3216403/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2438116/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1397676/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1794373/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1817658/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1819607/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1790449/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1773902/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1521783/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2026671/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2162554/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2201018/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:111332/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2548887/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2824068/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2775765/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCC‑CTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2921565/48‑1 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGGCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:3367036/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCCCAGGTGGCGa > 1:225912/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCg > 1:746513/1‑68 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1257940/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:833225/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1015452/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1514203/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1248333/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1790574/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1878740/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:403476/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:377009/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:3251581/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:2050423/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:2299496/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGAGTCACAGGTGGCGa > 1:1944069/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCT‑CCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGAt > 1:1507199/1‑69 (MQ=255)
cTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1954877/45‑1 (MQ=255)
tGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1012320/38‑1 (MQ=255)
acacTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTcgacg > 1:575510/1‑68 (MQ=255)
acacTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTcgacg > 1:3043943/1‑68 (MQ=255)
acacTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTagacg > 1:1784860/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTcgacgacg > 1:689260/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTcgacgacg > 1:338261/1‑68 (MQ=255)
cTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTcgacgacg > 1:2565060/1‑68 (MQ=255)
|
TTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGATCCCGTTTGATAACGTCGACGACG > minE/2911139‑2911262
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
