Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,969,834 A→G 34.2% L192L (TTG→CTG)  lplA ← lipoate‑protein ligase A

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,969,8340AG34.2% 50.7 / 40.1 73L192L (TTG→CTG) lplAlipoate‑protein ligase A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (12/36);  new base G (11/14);  total (23/50)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.15e-01

AAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTT  >  minE/2969784‑2969899
                                                  |                                                                 
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:2437617/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:3027848/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:3077792/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:3155710/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:3355854/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:2041851/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:405858/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:715369/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGt                                                 >  1:1875881/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTCGt                                                 >  1:1926412/1‑69 (MQ=255)
aaaGGCCTTGGTTATGACCTCG‑‑AACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCa                                               >  1:3421842/1‑69 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:623917/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:3125918/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:472523/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:1573653/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:1544605/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:1433210/69‑1 (MQ=255)
        cGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCggg                                         <  1:115543/69‑1 (MQ=255)
               ggCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   <  1:1762832/68‑1 (MQ=255)
               ggCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   <  1:664983/68‑1 (MQ=255)
               ggCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   <  1:1665871/68‑1 (MQ=255)
               ggCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   <  1:901250/68‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:2875313/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:614637/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:824320/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:3215654/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:840194/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:868629/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:987282/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:1894223/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:1874894/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:2434481/69‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTa                           <  1:167706/68‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTT‑GTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:728124/68‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGTGAACGTACCGACGt                            <  1:2549815/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGt                                    >  1:1406843/1‑59 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:3004821/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:2806281/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:3069196/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:2236861/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:2232872/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTa                                   >  1:3311763/1‑60 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2125980/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:666330/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2448568/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2054097/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:3413723/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2660373/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:3354807/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:1136086/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:582900/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:587731/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2276178/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2942547/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGt                            <  1:2821774/67‑1 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCACGGt                                                          >  1:3278130/1‑37 (MQ=255)
                       aaaCCTGCTCATGGGTGATCCCAGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:1289567/69‑1 (MQ=255)
                        aaCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTaa                          <  1:590057/68‑1 (MQ=255)
                                    ggTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTcgcc               >  1:59570/1‑67 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:1110491/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       >  1:686511/1‑69 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:115574/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:1914060/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:450679/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:2002544/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       >  1:2119143/1‑69 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:3181562/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:1109262/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:2699782/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:2606034/69‑1 (MQ=255)
                                          ccccGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTATCGCCGCCAGttt       >  1:3271657/1‑69 (MQ=255)
                                             cGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGttt       <  1:1681190/66‑1 (MQ=255)
                                               gCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCtttt  <  1:3339910/69‑1 (MQ=255)
                                                  |                                                                 
AAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTT  >  minE/2969784‑2969899

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A