Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F8 I0 R1
|
82 |
77.9 |
2158605 |
86.8% |
1873669 |
62.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,731,784 |
C→T |
100% |
L114L (CTA→TTA) |
yfhH → |
predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,731,784 | 0 | C | T | 75.6%
| 158.3
/ 55.0
| 82 | L114L (CTA→TTA) | yfhH | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/10); new base T (62/0); total (72/10) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GGTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGTAACAATGTTGCGCTCTGCGCGG > minE/1731735‑1731843
|
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGtt > 1:1912887/1‑58 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGt > 1:1106944/1‑64 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:2140056/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:398231/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:389247/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:377900/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:345361/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:328083/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:260925/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:258408/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:256663/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:409991/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:2132044/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:2123021/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1995874/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:199233/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1916393/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1898863/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:822907/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:966668/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:94842/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:944720/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:917115/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:917096/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:882188/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:842432/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:835443/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:404856/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:754437/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:732712/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:707571/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:571366/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:503485/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:502677/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:198335/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1279312/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1547737/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1536631/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1532920/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1449280/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1426788/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1411857/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1365627/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1308328/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1808182/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1250462/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1232823/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1223392/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1161906/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1130639/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1097224/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1084718/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1608024/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:162535/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1658754/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1874741/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1660641/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1773305/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:166928/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1727329/1‑65 (MQ=255)
ggTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1691003/1‑65 (MQ=255)
ggTCAGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGTTAAACGTTAATAGTg > 1:1478360/1‑65 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:1958563/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:784070/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:1917126/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:1158343/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:912632/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:667005/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:174794/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:202872/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:1658953/66‑1 (MQ=255)
cGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAaga < 1:314692/66‑1 (MQ=255)
aaaaCTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAgaga > 1:682132/1‑62 (MQ=255)
aaaaCTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAgaga > 1:1030115/1‑62 (MQ=255)
aaaaCTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAgaga > 1:227323/1‑62 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCATCGCTAACCGTTAATAGTGaa > 1:269114/1‑47 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGt > 1:1252828/1‑67 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGt > 1:605044/1‑67 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGt > 1:1099203/1‑67 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGt > 1:418176/1‑67 (MQ=255)
aaGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGt > 1:1078122/1‑67 (MQ=255)
cGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGTAACAATGTTGCGCTCTGCgcgg > 1:114120/1‑67 (MQ=255)
|
GGTCGGCGAAAAACTGATTAAAGAAAATACTGCCGCTATGTACGCAACGCTAAACGTTAATAGTGAAGAGAAACTGCATGAATGCGTAACAATGTTGCGCTCTGCGCGG > minE/1731735‑1731843
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
