Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I2 R1
|
257 |
49.9 |
1554294 |
99.0% |
1538751 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,967,714 |
C→T |
intergenic (+38/‑202) |
rho → / → wecA |
transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,967,714 | 0 | C | T | 97.4%
| 136.4
/ ‑4.3
| 39 | intergenic (+38/‑202) | rho/wecA | transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (20/18); total (21/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
AAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTG > NC_000913/3967569‑3967859
|
aaaaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGtttt > 2:341676/1‑151 (MQ=255)
aaaaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGtttt > 1:450125/1‑151 (MQ=255)
tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCtt > 1:274306/1‑151 (MQ=255)
gggCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAAt > 1:294233/1‑151 (MQ=255)
ggCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATc < 2:182128/151‑1 (MQ=255)
ggCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATc > 1:490962/1‑151 (MQ=255)
gAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTTTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTa < 2:95011/151‑1 (MQ=255)
cAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCt < 1:29505/151‑1 (MQ=255)
ggAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCg < 2:45437/151‑1 (MQ=255)
ggAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTCTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCg > 2:660142/1‑151 (MQ=255)
cATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGa < 1:557074/151‑1 (MQ=255)
aaCTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCt < 1:540618/151‑1 (MQ=255)
cTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAAGTCCTg < 1:593868/150‑1 (MQ=255)
aaTGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAAttt > 2:26381/1‑151 (MQ=255)
aTGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTg > 2:403632/1‑151 (MQ=255)
aaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTa < 2:483132/150‑1 (MQ=255)
aTTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAAttt > 1:78605/1‑151 (MQ=255)
aTTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAAttt < 1:107191/151‑1 (MQ=255)
tcGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCat < 2:291992/149‑1 (MQ=255)
aaaTGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCa < 2:240564/150‑1 (MQ=255)
aaTGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCaa > 2:565516/1‑150 (MQ=255)
aaTGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCaa > 1:377178/1‑150 (MQ=255)
gatgaAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATgg > 2:385799/1‑151 (MQ=255)
gaAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGtt < 1:744329/150‑1 (MQ=255)
aaaCGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTa > 2:630552/1‑150 (MQ=255)
gCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATCCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAAtttt < 2:582754/151‑1 (MQ=255)
aaaTTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGcac > 1:749912/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAgg < 2:673646/151‑1 (MQ=255)
ttGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGAc > 1:115371/1‑151 (MQ=255)
ttGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGAc > 2:337702/1‑151 (MQ=255)
tCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACtgg > 2:16681/1‑151 (MQ=255)
cTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACtggt > 2:610293/1‑151 (MQ=255)
aTGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTggg > 2:6514/1‑151 (MQ=255)
ccAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGttt < 1:726709/151‑1 (MQ=255)
ccAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGttt < 1:115411/151‑1 (MQ=255)
cAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTg < 2:168480/151‑1 (MQ=255)
gCCACGTGTTTACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGa < 2:691513/151‑1 (MQ=255)
tttACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCt > 2:244845/1‑151 (MQ=255)
tACGTGGTGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTc > 1:538789/1‑151 (MQ=255)
gtggtgTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTg > 2:467555/1‑150 (MQ=255)
|
AAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTG > NC_000913/3967569‑3967859
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
