Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
157 |
93.7 |
2947622 |
98.1% |
2891617 |
150.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
561,299 |
A→G |
T535A (ACC→GCC) |
sfmD → |
putative outer membrane export usher protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 561,299 | 0 | A | G | 100.0%
| 397.5
/ NA
| 101 | T535A (ACC→GCC) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (53/48); total (53/48) |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACT > NC_000913/561152‑561444
|
gAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGccc < 1:447303/151‑1 (MQ=255)
ggggTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCa < 2:300532/150‑1 (MQ=255)
ggggTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCAt > 1:1212719/1‑151 (MQ=255)
ggTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCa < 1:319043/151‑1 (MQ=255)
ggTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCa < 1:1265522/151‑1 (MQ=255)
aCGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCaaa > 1:438436/1‑150 (MQ=255)
gAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAAt > 2:1328483/1‑151 (MQ=255)
gAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAAt > 2:710133/1‑151 (MQ=255)
atGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACt < 1:729932/150‑1 (MQ=255)
atGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACt < 2:746493/150‑1 (MQ=255)
atGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTg < 2:715808/151‑1 (MQ=255)
gATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTg > 1:192186/1‑149 (MQ=255)
tACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAAt > 1:1424638/1‑150 (MQ=255)
gacgGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATTAAAAATACTGGAATACtt < 1:684641/151‑1 (MQ=255)
gacgGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACtt > 1:499877/1‑151 (MQ=255)
acgGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTc > 2:356882/1‑151 (MQ=255)
acgGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTc > 1:611233/1‑151 (MQ=255)
cgGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCg < 2:1070704/151‑1 (MQ=255)
ggTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCgg > 1:1296267/1‑151 (MQ=255)
gAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGAt < 1:1407470/150‑1 (MQ=255)
aGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTc > 2:521106/1‑151 (MQ=255)
cATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTc > 2:616718/1‑149 (MQ=255)
cATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTc > 1:153894/1‑149 (MQ=255)
aTCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTc > 2:291217/1‑148 (MQ=255)
aTCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGa < 2:704563/151‑1 (MQ=255)
cgcgATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATa < 2:1238591/151‑1 (MQ=255)
cgATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACg > 2:410506/1‑151 (MQ=255)
aTGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAATTACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTg < 1:939597/151‑1 (MQ=255)
gAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGt > 2:321608/1‑151 (MQ=255)
aCCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTAt > 2:376066/1‑151 (MQ=255)
aaTCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTg > 2:1450939/1‑151 (MQ=255)
cGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTggg < 2:1350681/150‑1 (MQ=255)
gTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGt < 2:1115135/151‑1 (MQ=255)
tGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGt > 1:212668/1‑150 (MQ=255)
tACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATAcc > 2:1220276/1‑150 (MQ=255)
tACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATAcc > 2:758162/1‑150 (MQ=255)
aCCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACca < 2:571848/150‑1 (MQ=255)
cacaATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACcagc > 1:389851/1‑150 (MQ=255)
cacaATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACcagc > 2:721404/1‑150 (MQ=255)
caATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCagcagc < 1:654036/151‑1 (MQ=255)
aaTTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCt > 2:1296360/1‑151 (MQ=255)
aaTTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCt > 1:553742/1‑151 (MQ=255)
aTTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTg < 2:139660/151‑1 (MQ=255)
tttACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTgg > 2:144309/1‑151 (MQ=255)
tttACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTgg > 1:475856/1‑151 (MQ=255)
aCGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGtt > 2:286555/1‑151 (MQ=255)
cGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTg < 2:1339852/151‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTg < 1:72542/151‑1 (MQ=255)
ttAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCAt > 1:160666/1‑151 (MQ=255)
tAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCAt < 2:1273457/150‑1 (MQ=255)
aGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATc > 2:1303199/1‑150 (MQ=255)
gCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATc > 2:1161304/1‑149 (MQ=255)
gCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAg < 2:367893/151‑1 (MQ=255)
aaaGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTAt < 1:107284/150‑1 (MQ=255)
aaGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTc < 2:884655/151‑1 (MQ=255)
aGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCg > 1:108330/1‑151 (MQ=255)
gCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCAttt < 2:463691/151‑1 (MQ=255)
aGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTc > 1:504465/1‑151 (MQ=255)
aGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTc > 1:11695/1‑151 (MQ=255)
aGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTc < 1:71526/151‑1 (MQ=255)
gTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCg < 1:1018163/151‑1 (MQ=255)
aaaTGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTgg < 2:325156/151‑1 (MQ=255)
aaTGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTgg > 1:1294556/1‑150 (MQ=255)
aTGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGga > 2:528447/1‑150 (MQ=255)
ttCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGgaatga < 1:49254/150‑1 (MQ=255)
tCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGgaatgaat > 2:561289/1‑151 (MQ=255)
caATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTg > 1:1201615/1‑151 (MQ=255)
aaTCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGt < 1:59367/151‑1 (MQ=255)
aTCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTa < 1:394460/151‑1 (MQ=255)
cACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAgg < 2:858896/151‑1 (MQ=255)
cACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAgg < 2:713235/151‑1 (MQ=255)
aCTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAggg < 2:192162/151‑1 (MQ=255)
cTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAggg > 1:1236755/1‑150 (MQ=255)
tAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATTCCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGa < 2:1212621/149‑1 (MQ=255)
tAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGa < 1:356931/149‑1 (MQ=255)
aaTGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATc < 2:553679/150‑1 (MQ=255)
aTGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATccc > 1:1243396/1‑151 (MQ=255)
aCTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCg > 2:124401/1‑150 (MQ=255)
cTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGAt > 2:966105/1‑151 (MQ=255)
ttGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATa < 1:407377/150‑1 (MQ=255)
tGGCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaac > 2:1118340/1‑151 (MQ=255)
ggCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaac < 2:438380/150‑1 (MQ=255)
gCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacga < 1:410563/151‑1 (MQ=255)
gCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacg > 2:831316/1‑150 (MQ=255)
gCTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacg > 2:800481/1‑150 (MQ=255)
cTCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacga > 2:78206/1‑150 (MQ=255)
tCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaac > 2:547034/1‑151 (MQ=255)
tCGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaac > 1:1428076/1‑151 (MQ=255)
ccggtttATATTTTTGGAGCCCATCACAAATACTGGATTACTTCGGATTCAGATACGCGGTATCAGCAACGGGACACTAGCAGCGCGGGTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGCAATGAATCTGGAGGGATCCCCGATaacgaa > 2:1068374/5‑150 (MQ=255)
cGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaacg < 2:57039/151‑1 (MQ=255)
cGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaacg > 2:350682/1‑151 (MQ=255)
cGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaa < 2:426190/149‑1 (MQ=255)
cGCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATaacgaa < 2:108314/149‑1 (MQ=255)
gCTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGt > 1:50824/1‑151 (MQ=255)
cTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGGATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGt < 1:1466507/150‑1 (MQ=255)
cTTTATATTTCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGt > 2:263822/1‑150 (MQ=255)
ttCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCgg < 1:1161397/150‑1 (MQ=255)
tCTGGTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGAc > 1:399499/1‑151 (MQ=255)
ggTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACt < 1:758240/149‑1 (MQ=255)
ggTGCCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACt < 2:1135462/149‑1 (MQ=255)
|
GAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACT > NC_000913/561152‑561444
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
