Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F50 I3 R1
|
105 |
107.9 |
3491495 |
95.1% |
3320411 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
599,828 |
T→C |
L372P (CTG→CCG) |
cusA → |
copper/silver efflux system, membrane component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 599,828 | 0 | T | C | 99.1%
| 378.2
/ NA
| 105 | L372P (CTG→CCG) | cusA | copper/silver efflux system, membrane component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (50/54); minor base A (1/0); total (51/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTG > NC_000913/599681‑599975
|
caacaTACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCggg < 1:147968/151‑1 (MQ=255)
aacaTACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCgggg > 2:236850/1‑151 (MQ=255)
aacaTACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGGAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGGTTATTTCGTTGCCGCCgggg > 1:688329/1‑151 (MQ=255)
aTACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGtt > 1:807951/1‑150 (MQ=255)
gATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTa < 1:64481/151‑1 (MQ=255)
tCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTAtt > 2:682468/1‑151 (MQ=255)
gccagcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCttt > 1:992142/1‑151 (MQ=255)
gccagcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCttt < 1:91084/151‑1 (MQ=255)
ccagcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCtttt > 1:748107/1‑151 (MQ=255)
ccagcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGGATTGCtttt > 2:782329/1‑151 (MQ=255)
agcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGGGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGGTGTGTATTGCTTTTAt > 2:139847/1‑151 (MQ=255)
agcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTAt > 2:928377/1‑151 (MQ=255)
gcTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTAtt < 2:1232269/151‑1 (MQ=255)
cATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTg < 2:693989/149‑1 (MQ=255)
cATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGt < 1:850881/150‑1 (MQ=255)
cATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTc < 1:263844/151‑1 (MQ=255)
gACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATg > 2:199755/1‑150 (MQ=255)
gACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGc > 3:114887/1‑151 (MQ=255)
gACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGc > 2:187493/1‑151 (MQ=255)
ccGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCAc < 1:955315/151‑1 (MQ=255)
ccGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCAc < 2:1209024/151‑1 (MQ=255)
gcgcCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACtt < 4:277369/151‑1 (MQ=255)
cgcCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGCGCGCTGTTTCCCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACtt > 1:317290/1‑150 (MQ=255)
gcCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTcc > 4:110984/1‑151 (MQ=255)
cATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAg < 1:299912/151‑1 (MQ=255)
tCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTTGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTACTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCa < 1:274515/148‑1 (MQ=255)
tCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGGTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAggg > 1:295938/1‑151 (MQ=255)
cGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAggg < 2:231330/150‑1 (MQ=255)
cGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAggg > 1:700204/1‑150 (MQ=255)
aaCCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTg > 1:606615/1‑150 (MQ=255)
ccTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGaa > 3:217902/1‑150 (MQ=255)
ccTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAAt < 1:901877/151‑1 (MQ=255)
cTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATg > 1:914194/1‑151 (MQ=255)
cAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATg < 2:871546/149‑1 (MQ=255)
aGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCa < 3:439210/151‑1 (MQ=255)
gCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCaa < 4:322290/151‑1 (MQ=255)
aaGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAAtatt > 1:388591/1‑150 (MQ=255)
aGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAAtattat < 1:603912/151‑1 (MQ=255)
gTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAAtattat > 4:229407/1‑150 (MQ=255)
gTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATg < 4:287670/151‑1 (MQ=255)
gagTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTg < 2:636667/151‑1 (MQ=255)
gTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTGCAGGGACTGAATGCCAATATGATGTCGTTGGGTGGc < 2:1118687/151‑1 (MQ=255)
aTTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTg < 1:149893/151‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTg < 2:553527/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCg < 2:955857/150‑1 (MQ=255)
tggtggCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGAt > 4:125696/1‑151 (MQ=255)
tggtggCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGAt > 2:1011756/1‑151 (MQ=255)
ggtggCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGAtt > 1:392920/1‑151 (MQ=255)
gtggCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTCGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTg < 1:82523/151‑1 (MQ=255)
ggCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCAGGGGTTGGGTATTGCTTTTATTGCCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGcc > 2:849199/1‑151 (MQ=255)
ggTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTc < 2:895488/151‑1 (MQ=255)
ggTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTc < 3:371006/151‑1 (MQ=255)
tAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCgg > 3:361761/1‑151 (MQ=255)
tAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCgg > 3:37632/1‑151 (MQ=255)
tAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCgg > 2:818082/1‑151 (MQ=255)
gTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCgggg < 2:1128845/151‑1 (MQ=255)
tgtgCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCg > 1:1026424/1‑150 (MQ=255)
gtgCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGc < 1:859237/148‑1 (MQ=255)
gtgCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGc < 4:34903/148‑1 (MQ=255)
gtgCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCg < 2:530021/149‑1 (MQ=255)
tgCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATg > 3:164386/1‑151 (MQ=255)
cgcTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGt < 1:909488/151‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTc < 2:1128125/151‑1 (MQ=255)
gTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAt < 3:319102/151‑1 (MQ=255)
gTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAt < 3:106876/151‑1 (MQ=255)
tttCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAtg > 1:285481/1‑151 (MQ=255)
ctctGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAtgctg > 2:14818/1‑151 (MQ=255)
ctGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAtgct < 1:1166855/148‑1 (MQ=255)
ctGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGAtgct < 1:136754/148‑1 (MQ=255)
tGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATgctgct > 1:1073822/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTAt < 2:938178/151‑1 (MQ=255)
ggCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATgctgct < 3:64923/149‑1 (MQ=255)
gCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATc < 2:884670/151‑1 (MQ=255)
gCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATc < 3:269120/151‑1 (MQ=255)
cATGCGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCg > 1:127242/1‑151 (MQ=255)
aTGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGt < 2:805281/151‑1 (MQ=255)
aTGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGt > 2:562746/1‑151 (MQ=255)
aTGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGt > 2:143934/1‑151 (MQ=255)
tgtgCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGt < 2:821175/150‑1 (MQ=255)
tgCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCAt > 4:32825/1‑151 (MQ=255)
gcgcTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCAt < 4:290801/150‑1 (MQ=255)
gcTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGAt > 1:1244851/1‑151 (MQ=255)
cTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATc > 2:60497/1‑151 (MQ=255)
tCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCg > 1:540400/1‑151 (MQ=255)
cGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCga < 4:214472/151‑1 (MQ=255)
gctcTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCgaga < 2:864470/148‑1 (MQ=255)
cgcTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGaa < 4:276277/151‑1 (MQ=255)
gcTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGCGAAt > 3:137428/1‑151 (MQ=255)
gcTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAAt < 3:9678/151‑1 (MQ=255)
gcTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAAt > 1:168704/1‑151 (MQ=255)
gtggCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATgcgc < 1:60506/151‑1 (MQ=255)
ggCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCAt < 1:682607/151‑1 (MQ=255)
ggCGATTATTTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCAt > 1:225916/1‑151 (MQ=255)
attattTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAAc < 2:688305/151‑1 (MQ=255)
ttattTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACg > 4:348240/1‑151 (MQ=255)
tattTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACgg > 3:168652/1‑151 (MQ=255)
tattTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACg < 1:843354/150‑1 (MQ=255)
attTCGTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCTGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGc < 1:387251/151‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGa > 2:728033/1‑150 (MQ=255)
cGCCGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTg < 2:224667/151‑1 (MQ=255)
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CAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTG > NC_000913/599681‑599975
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
