Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I3 R1
|
143 |
109.6 |
3434427 |
98.5% |
3382910 |
150.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,202,387 |
T→C |
T183A (ACA→GCA) |
cohE ← |
e14 prophage; repressor protein phage e14 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,202,387 | 0 | T | C | 96.9%
| 352.6
/ 0.8
| 98 | T183A (ACA→GCA) | cohE | e14 prophage; repressor protein phage e14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (51/44); total (52/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-02 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATCACCTATTAC > NC_000913/1202239‑1202534
|
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gCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGcccc > 2:1658314/1‑151 (MQ=255)
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aTAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTa < 1:1114141/151‑1 (MQ=255)
tAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTAt > 2:1595164/1‑151 (MQ=255)
tAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTAt > 1:1031941/1‑151 (MQ=255)
tAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTAt > 1:1496807/1‑151 (MQ=255)
aaaCATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTAt < 2:511797/150‑1 (MQ=255)
aaCATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATc > 2:624974/1‑150 (MQ=255)
aCATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCaa < 1:966154/151‑1 (MQ=255)
aCATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCaa < 2:209802/151‑1 (MQ=255)
gATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCttt > 2:1435003/1‑151 (MQ=255)
gATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCttt > 2:237687/1‑151 (MQ=255)
gATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCtt < 1:50366/150‑1 (MQ=255)
gATTAGGCTTTGATTTTGAATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCttt < 2:56420/151‑1 (MQ=255)
aTTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCtttt > 2:922473/1‑151 (MQ=255)
aTTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCtttt > 2:1489729/1‑151 (MQ=255)
ttAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTg > 2:591065/1‑151 (MQ=255)
tAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTg > 1:70034/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGaa < 1:789106/151‑1 (MQ=255)
aGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCG‑TGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAg < 2:1501386/151‑1 (MQ=255)
ggCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAg < 1:1148502/151‑1 (MQ=255)
gCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAgg > 1:1113835/1‑151 (MQ=255)
tGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAggtggt > 2:1133776/1‑151 (MQ=255)
tGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAggtggt > 1:832915/1‑151 (MQ=255)
gATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGtt > 1:336039/1‑151 (MQ=255)
aTTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGttt > 1:884032/1‑151 (MQ=255)
tttGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTc < 2:600714/150‑1 (MQ=255)
ttGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCAc > 2:1650353/1‑151 (MQ=255)
cttcttGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTAt > 1:1016827/1‑151 (MQ=255)
ttcttGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATc > 1:1036193/1‑151 (MQ=255)
tcttGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGt < 1:412295/147‑1 (MQ=255)
tcttGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATc < 2:902218/150‑1 (MQ=255)
tcttGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCg > 1:1202623/1‑151 (MQ=255)
gTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCAt > 1:693783/1‑151 (MQ=255)
tttCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATc > 2:254454/1‑150 (MQ=255)
ttCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCa > 1:691470/1‑150 (MQ=255)
tCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAAt > 2:373094/1‑151 (MQ=255)
tCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAAt > 2:538681/1‑151 (MQ=255)
cTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGc > 2:778842/1‑151 (MQ=255)
gagaAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGc < 2:737572/149‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATaa < 1:679439/151‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATa > 2:1406601/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATa > 2:157616/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATa > 1:1458217/1‑150 (MQ=255)
aaTCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcg > 2:1078999/1‑151 (MQ=255)
cacaGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtcg < 2:939490/151‑1 (MQ=255)
cacaGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtcg > 1:1554897/1‑151 (MQ=255)
caGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACgtcgtc < 1:274307/151‑1 (MQ=255)
caGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCAGCAATGCAATAACgtcgtc < 2:571032/151‑1 (MQ=255)
aGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACgtcgtc > 1:183659/1‑150 (MQ=255)
aaTTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTgg < 1:1182368/151‑1 (MQ=255)
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tataGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggca < 2:33353/150‑1 (MQ=255)
agagCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcaggca < 2:950736/151‑1 (MQ=255)
agagCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcaggca < 1:241905/151‑1 (MQ=255)
agagCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcaggc < 1:538631/150‑1 (MQ=255)
agCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGcaggcagg < 1:665250/151‑1 (MQ=255)
aaTTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTAc > 1:892171/1‑151 (MQ=255)
tACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACtt < 2:1711968/150‑1 (MQ=255)
aCCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTc < 2:820875/150‑1 (MQ=255)
aCCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCa < 1:1133688/151‑1 (MQ=255)
ccGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAg < 1:684702/151‑1 (MQ=255)
cGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAgg < 1:970413/151‑1 (MQ=255)
gTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAgg > 2:1708716/1‑150 (MQ=255)
ttGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGAt > 2:149399/1‑151 (MQ=255)
gATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATc > 1:1529233/1‑150 (MQ=255)
gATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCg > 1:1428766/1‑151 (MQ=255)
tCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGAc > 2:240485/1‑151 (MQ=255)
cTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGAc > 1:342314/1‑150 (MQ=255)
tAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACaa > 1:1677968/1‑150 (MQ=255)
tGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAAt > 1:1422278/1‑151 (MQ=255)
tAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATc > 2:768654/1‑150 (MQ=255)
aaGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCAt < 2:1246924/151‑1 (MQ=255)
aGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATg > 1:227019/1‑151 (MQ=255)
ggCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGt < 2:183673/151‑1 (MQ=255)
cTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAGGCGGTAACGTTGGCAGGCAGGAATTTCA‑GAACGGCAAAAAACaatg > 1:1153649/1‑145 (MQ=255)
gCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCgg < 2:731266/151‑1 (MQ=255)
ccAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCggg < 2:593046/151‑1 (MQ=255)
cAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGc < 1:1559824/151‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGt < 2:842765/150‑1 (MQ=255)
gggTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACt < 2:1049409/151‑1 (MQ=255)
gggTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACt < 1:2736/151‑1 (MQ=255)
tttAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACtca > 1:1676612/1‑150 (MQ=255)
tAACGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCTCCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACtcatc < 1:591010/150‑1 (MQ=255)
aaCGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACtcatca < 1:237666/150‑1 (MQ=255)
aCGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCatcaat < 2:514238/151‑1 (MQ=255)
cGCTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGTAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCatcaatc < 2:244083/151‑1 (MQ=255)
cTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCAt > 1:283931/1‑151 (MQ=255)
cTTTGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCAt > 1:881584/1‑151 (MQ=255)
tttGAGATAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCAtt > 1:1204173/1‑151 (MQ=255)
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gagaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGa < 1:1595068/150‑1 (MQ=255)
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aTAACGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATc > 1:1499098/1‑150 (MQ=255)
cGCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATCACCt > 2:1679813/1‑150 (MQ=255)
gCTGTGCCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATCACCTAt > 1:1091591/1‑151 (MQ=255)
gtgcCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATCACCTATTAc > 2:441620/1‑151 (MQ=255)
|
AGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGGATCGACAAAAATCATGTCTCCCGGGCGGTACTCATCAATCATTGAATCACCTATTAC > NC_000913/1202239‑1202534
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
