Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I3 R1
|
143 |
109.6 |
3434427 |
98.5% |
3382910 |
150.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,192,139 |
Δ1 bp |
coding (84/543 nt) |
yehD ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,192,138 | 0 | T | . | 97.0%
| 748.5
/ 18.5
| 164 | coding (85/543 nt) | yehD | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base . (75/84); total (77/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAAT > NC_000913/2191989‑2192284
|
ggTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGta < 2:252034/151‑2 (MQ=255)
ggTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGt < 2:1372743/150‑1 (MQ=255)
gTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGtcc > 2:276873/1‑149 (MQ=255)
ttACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGtccg > 1:1019506/1‑148 (MQ=255)
tACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGtccg < 1:598367/150‑4 (MQ=255)
cacCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGt > 1:365727/1‑150 (MQ=255)
cacCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTa < 2:1641938/151‑1 (MQ=255)
acCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTAt < 1:1034677/151‑1 (MQ=255)
cGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATc > 2:1515773/1‑150 (MQ=255)
cGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATc > 1:1440192/1‑150 (MQ=255)
gCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTc < 1:472005/151‑1 (MQ=255)
catcatcatAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCt > 2:298754/1‑151 (MQ=255)
catcatcatAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCt < 2:827897/151‑1 (MQ=255)
tcatcatAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTgc > 1:857444/1‑151 (MQ=255)
catcatAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTgca < 2:1036979/151‑1 (MQ=255)
catAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTgcagca < 1:576911/151‑1 (MQ=255)
catAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTgcagc < 2:1055936/150‑1 (MQ=255)
ctAGGTAGAATATTTAGCTTTACCGTCAAAGTCACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TACGGTATCAACGTCTgcagca > 1:1571215/2‑150 (MQ=255)
tAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCaa > 2:638644/1‑150 (MQ=255)
gTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATAc > 2:1391749/1‑151 (MQ=255)
gTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATAc < 1:1458621/151‑1 (MQ=255)
gTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATAc < 2:1648899/151‑1 (MQ=255)
tAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACt > 2:1160908/1‑151 (MQ=255)
aGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACt < 2:1263767/150‑1 (MQ=255)
aaTATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCa < 1:1626682/151‑1 (MQ=255)
atatTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTcc > 2:1104609/1‑149 (MQ=255)
atatTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTcc > 1:388979/1‑149 (MQ=255)
atTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAgcg < 2:1212989/151‑1 (MQ=255)
tttAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAgcgc > 2:863117/1‑151 (MQ=255)
tAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCt < 2:1084857/150‑1 (MQ=255)
aGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTc > 2:799528/1‑150 (MQ=255)
aGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCa < 1:910209/151‑1 (MQ=255)
tttACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATa > 1:50080/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAaag < 2:1397973/150‑1 (MQ=255)
aaaGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCa > 2:837148/1‑132 (MQ=255)
aaaGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCa < 1:837086/132‑1 (MQ=255)
aaGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAagaaga < 2:963211/151‑1 (MQ=255)
cacTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGaaa < 2:454412/150‑1 (MQ=255)
cacTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGaaa > 2:602185/1‑149 (MQ=255)
cacTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAg < 2:1486561/151‑1 (MQ=255)
gttggtACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGc < 2:154017/151‑1 (MQ=255)
ttggtACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCg > 2:1473945/1‑151 (MQ=255)
tACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGgc > 1:553368/1‑149 (MQ=255)
aGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGgcagca > 1:685386/1‑150 (MQ=255)
aGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCaa < 1:745754/151‑1 (MQ=255)
gTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCaat < 1:989193/151‑1 (MQ=255)
cGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCaataa < 1:1145814/151‑1 (MQ=255)
cGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCaataa < 1:1478008/151‑1 (MQ=255)
ggCATATTAATACTTACTGAATCTCCGCCCGCTTCGAATTTACACTGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGTCAGCaat < 1:289885/148‑1 (MQ=255)
tatTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGa > 1:1330588/1‑150 (MQ=255)
atTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGaa < 2:1687177/150‑1 (MQ=255)
atTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAAc < 1:442280/151‑1 (MQ=255)
tacttactGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGttt > 2:945883/1‑151 (MQ=255)
cttactGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCa < 1:757634/150‑1 (MQ=255)
cttactGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTCAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCat > 2:1098498/1‑151 (MQ=255)
tactGAATCACCACCCGCTTCGATTTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCata < 2:1387166/150‑1 (MQ=255)
ctGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCataat > 1:823684/1‑150 (MQ=255)
gAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGCGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCataata < 2:1504486/149‑1 (MQ=255)
gAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCataata < 1:321691/149‑1 (MQ=255)
gAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAatat < 2:1203909/150‑1 (MQ=255)
gAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATg < 1:1147269/151‑1 (MQ=255)
aTCACCTCCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGtt < 1:810016/151‑1 (MQ=255)
aTCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGtt < 2:7070/151‑1 (MQ=255)
caccacCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTcc > 2:1284643/1‑151 (MQ=255)
caccacCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTc < 2:1716493/150‑1 (MQ=255)
ccaccCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCtt > 2:40033/1‑151 (MQ=255)
caccCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCtt > 2:1593033/1‑150 (MQ=255)
accCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTtaa < 2:365755/151‑1 (MQ=255)
accCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTta > 2:53387/1‑150 (MQ=255)
tCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATaaaa < 1:1515675/149‑1 (MQ=255)
aaTTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAatttat < 1:1243491/151‑1 (MQ=255)
aaTTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAatttat > 1:258228/1‑151 (MQ=255)
ttgcacGGGGATTCGGCAATATTCCACTTAATAGTGATTG‑TCCGGTATCAAGGTCTGCATCAGATACTCCAGCGAGCATAAAAAGAGAAGGAGAGACAGCGGCAGCAAGAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTAtttt > 1:639889/4‑151 (MQ=255)
ttACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTAtttt > 2:731574/1‑151 (MQ=255)
tACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTAttttt > 2:616977/1‑151 (MQ=255)
tACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTAtttt < 1:1544735/150‑1 (MQ=255)
acacGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTAttttt < 1:412315/150‑1 (MQ=255)
acacGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTg < 2:1676997/151‑1 (MQ=255)
acacGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTg > 1:1387676/1‑151 (MQ=255)
cacGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTgg < 2:610516/151‑1 (MQ=255)
cGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGgtt < 2:704817/151‑1 (MQ=255)
gagaTTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGgttg < 2:1331315/151‑1 (MQ=255)
gaTTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGgttgtt > 2:1000996/1‑150 (MQ=255)
gaTTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGgttgtt > 1:821226/1‑150 (MQ=255)
aTTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTaa < 1:507438/151‑1 (MQ=255)
aTTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTa > 2:674162/1‑150 (MQ=255)
cAATATTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCt < 2:1019583/151‑1 (MQ=255)
atatTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGt < 2:869050/151‑1 (MQ=255)
tatTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGt > 1:903089/1‑150 (MQ=255)
atTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTa < 1:1100060/150‑1 (MQ=255)
atTCCCCTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTAt > 2:1271923/1‑151 (MQ=255)
cTTAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTg > 2:507900/1‑151 (MQ=255)
ttAATAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTgg > 1:1152616/1‑151 (MQ=255)
aaTAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGa < 1:1263264/150‑1 (MQ=255)
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aTAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGaa > 2:43093/1‑150 (MQ=255)
tAGTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAAc > 2:1616948/1‑151 (MQ=255)
gTTAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACa > 2:1077559/1‑150 (MQ=255)
tAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAAt > 1:141412/1‑151 (MQ=255)
tAATG‑TCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAAt > 2:1560336/1‑151 (MQ=255)
|
GGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAAT > NC_000913/2191989‑2192284
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
