Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I1 R1
|
170 |
39.5 |
1266514 |
99.2% |
1256381 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,033,049 |
A→G |
D304G (GAT→GGT) |
hyaA → |
hydrogenase 1, small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,033,049 | 0 | A | G | 95.8%
| 72.5
/ NA
| 24 | D304G (GAT→GGT) | hyaA | hydrogenase 1, small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (16/7); minor base T (0/1); total (16/8) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
AAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCG > NC_000913/1032908‑1033190
|
aaGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGgttc < 1:559020/151‑1 (MQ=255)
tACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGgttcgttc < 1:510231/150‑1 (MQ=255)
gTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGcc < 1:192347/149‑1 (MQ=255)
aaaTGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGt > 2:531542/1‑151 (MQ=255)
tGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTc > 1:399717/1‑151 (MQ=255)
aaGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGc > 1:303109/1‑150 (MQ=255)
cTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATggg > 2:625026/1‑151 (MQ=255)
ccaccTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTAc > 2:565132/1‑151 (MQ=255)
ataACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCAt < 1:531553/149‑1 (MQ=255)
cctccACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATAc > 2:256779/1‑151 (MQ=255)
atgatgGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACcgc > 2:178324/1‑151 (MQ=255)
tgGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCtt > 1:555946/1‑151 (MQ=255)
cGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGc > 1:315092/1‑151 (MQ=255)
tttctttcCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCTCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgt > 1:267159/1‑151 (MQ=255)
tttcCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggtg > 2:218925/1‑151 (MQ=255)
ggTCTGGTCAGGGCTGCGGGGGTTGGGGGAAAATTGTTTTGGGGGGCCGCGTTTCTTTCGCCAGCCGCGTGGTCTATTTTCCGAAAATGGGTCCTCTTCCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCgg < 2:628737/146‑1 (MQ=255)
agtgggtgcgcGGCTCCCGGTGCGGTGCGAAAAATGGTTGGTGGGTTGGGGTTTGTTTCACCGGCCTGGTGTTCGTTATTCCGCAAAGGGGTCCTCTTCCCTCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCg < 2:537674/136‑1 (MQ=255)
cTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTgg > 2:21225/1‑151 (MQ=255)
gtccgggcggcgggggTTGTGCGAAAAATGGTTTGTGGGGTCGGGTTTCGTTCAACCGCCGCTGGGTGTATTTTCCAAAAAGGGGTACTCATCCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtgt < 1:255985/138‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc > 1:125950/1‑151 (MQ=255)
cTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAgc > 2:12163/1‑151 (MQ=255)
cGGAAAATGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGt > 1:406105/1‑151 (MQ=255)
aaattgttttggggggTCGCGTTTCTTTCTACGGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGTTCCTCATCCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGa < 2:291600/139‑1 (MQ=255)
aTGGTTTCTGGGGTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGAcc > 2:165663/1‑150 (MQ=255)
tttCGGGGGTCGTGGTTCGTTCTACCGCCGGGTGGTCTATTTCCCGAAAAGGGGTCCTCATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgcg < 2:474217/150‑1 (MQ=255)
|
AAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCG > NC_000913/1032908‑1033190
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
