Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
662,945 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 662,945 | 0 | A | T | 99.6%
| 613.2
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (108/147); total (109/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 662,946 | 0 | C | G | 99.6%
| 611.2
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (108/147); minor base T (1/0); total (109/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 662,947 | 0 | T | A | 99.6%
| 610.6
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (108/146); total (109/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ATGAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCT > CP042583/662663‑663224
|||
catGCCAGGCCCAGAAGCGCCCAAATCCCCCATCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGGCGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg < 1:478796/286‑1 (MQ=255)
aTTGCCAGGCCAGGACGAGCCGAAATCCCCCGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGCAGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGGTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg < 2:1334176/288‑1 (MQ=255)
aTTGCCAGGCCAGGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg < 1:1186826/288‑1 (MQ=255)
aTTGCCAGGCCAGGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCACCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACGTCGTAAAACCAGACCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACgt < 2:227423/289‑1 (MQ=255)
caggccaggAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACgttgtt < 2:1914219/288‑1 (MQ=255)
gccaggAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATg > 1:1698409/1‑289 (MQ=255)
aaccgccgcaaTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGttt < 1:1667089/277‑1 (MQ=255)
cgccgacaTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCa < 1:235077/282‑1 (MQ=255)
gccgaaaTCCCCCGTCCCGCCTCCAACATTCCTAAGGACGGCAAAAGATGAGGCAATTTGTAAAACCAGTCCGGCTTCCAGTGCTTGGCGGCCAGCTGTTGTTCCATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGGGGGGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACGCCTGCCATTCTACAAGCTACTTGTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCCCGAACGGGTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCa < 2:2087946/283‑1 (MQ=255)
gccgaaaTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGt > 1:2007857/6‑280 (MQ=255)
gccgaaaTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCaa > 1:1597145/6‑289 (MQ=255)
caccgcAGGCCCGCCTCCACCACTCCTCATGACGTCGAAAGATGAAGCACTGCGTAAAACCCGGCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 2:1742437/284‑3 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 2:592686/289‑3 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 1:618369/289‑3 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 1:1483019/289‑3 (MQ=255)
ccgTCCCGCCTCCCCCAGTCCCTATTACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAACACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACCGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctgattcg < 2:538726/287‑8 (MQ=255)
cGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTacac > 1:1106775/1‑289 (MQ=255)
ccaccaGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCAc < 2:2066186/289‑1 (MQ=255)
aatgacgtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGc > 1:2069743/12‑289 (MQ=255)
tgacgtcgaaagtcgACGCACTTCGTCAAACCAGGCCAGCTTCCAGGGCTTTGCGGCCAGCGGTTGTTCTAGCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCaa < 2:843003/275‑1 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGa < 2:895829/224‑1 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:1006298/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:904/6‑289 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 2:1597145/287‑1 (MQ=255)
ttCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCCGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGa > 2:2178940/1‑289 (MQ=255)
tCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGaa > 1:544050/1‑289 (MQ=255)
aaaaCCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCg < 2:1871426/289‑1 (MQ=255)
cAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCAccgattcca > 1:1361764/1‑245 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTTACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCCGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTTACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGCTCCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCGGAATCCGCACTTTa > 2:1022260/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg > 2:546288/1‑225 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTa > 1:1844198/1‑289 (MQ=255)
ccAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa < 2:1195520/288‑1 (MQ=255)
ccAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTaa < 1:586192/288‑1 (MQ=255)
cAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAata < 2:1089073/289‑1 (MQ=255)
ttCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAatat < 1:13814/286‑1 (MQ=255)
ttCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTg < 1:859893/288‑1 (MQ=255)
ttCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCAACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAatat < 1:215269/286‑1 (MQ=255)
tgggCGTGTCGGCCTGCTTTTGTTCTATCAACAGTGGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCGCTACCTCCTGCCATGCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATa < 2:1168231/288‑1 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCa > 1:1543380/1‑289 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCa > 2:136367/1‑289 (MQ=255)
tCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGGGCCTTGCTGCAGAATCCGCACTCTCATTTTTGGATACATCtgct > 2:317166/1‑286 (MQ=255)
aGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAAtt > 2:69567/1‑289 (MQ=255)
tgttgtTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGCGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTATACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg > 2:1673860/1‑174 (MQ=255)
aaCAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAat > 1:773272/1‑217 (MQ=255)
aaCAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAat < 2:773272/217‑1 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACtt < 2:1681722/244‑1 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACtt > 1:1681722/1‑244 (MQ=255)
cGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 1:938576/286‑1 (MQ=255)
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aCTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATa < 1:1121089/270‑1 (MQ=255)
aCTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATa > 2:1410526/1‑270 (MQ=255)
cTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACTCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATAcc < 1:1675025/289‑1 (MQ=255)
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cTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCa < 1:895194/267‑1 (MQ=255)
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aCGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGt > 1:1151719/1‑196 (MQ=255)
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tCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGc < 2:2018495/167‑1 (MQ=255)
tCAATGGATGAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTACACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGc > 1:2018495/1‑167 (MQ=255)
|||
ATGAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCT > CP042583/662663‑663224
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
