Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
662,945 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 662,945 | 0 | A | T | 99.6%
| 603.7
/ NA
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (108/145); total (110/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 662,946 | 0 | C | G | 99.2%
| 597.7
/ NA
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/143); minor base A (1/1); total (110/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 662,947 | 0 | T | A | 99.6%
| 605.5
/ ‑6.2
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/144); minor base G (0/1); total (110/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAA‑CTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑ACTTTCGTTA‑CACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGC > CP042583/662665‑663226
||||
gAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTtgt > 1:372761/1‑289 (MQ=255)
cATTGCCAGGCCAGGAACGGCCGAAATCCCCAGTCCCCCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACg < 2:975153/289‑1 (MQ=255)
aatGCCAGGACAGGAAGGTCCGGAAGCCCGAGTCCCGCCACCACCAGTCCTAATGACGTAGAAAGATGACGCAGTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTGGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTGACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTGTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGTCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACg < 2:1588094/286‑1 (MQ=255)
tGCCAGGCCAGGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTTACgttg > 1:1004620/1‑289 (MQ=255)
gccaggccagGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACgttgt > 1:528568/1‑289 (MQ=255)
gccgaaaTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCaa > 1:144329/6‑289 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCCGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 1:853152/289‑3 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 1:778392/289‑3 (MQ=255)
aTCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 1:1605692/289‑3 (MQ=255)
ccccAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTACAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCTGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctg < 2:26490/287‑3 (MQ=255)
cccAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctgatt < 1:263876/289‑6 (MQ=255)
cccAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctgatt < 1:1562309/289‑6 (MQ=255)
ccgTCCCGCCCCCACCACGCCTAAGGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGGAAATCCAGACCAGCTTCCGGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTATATCAACAGTCTGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTctgattcg < 2:1207817/287‑8 (MQ=255)
ccGCCTCCCCCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACCCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTa‑ca < 1:650575/289‑1 (MQ=255)
ccGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTa‑ca < 1:933171/289‑1 (MQ=255)
cGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTa‑cac < 1:1347760/289‑1 (MQ=255)
caaccaGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCAc < 1:631211/287‑1 (MQ=255)
ccaGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCAccga < 1:1462079/289‑4 (MQ=255)
aatgacgtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGc > 2:488633/12‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCCTGTTTTGGCCAAATTT‑TTATTCTTTT‑CACAGCACCGATTCCATGCAttttt > 2:1412361/6‑287 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:1765366/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:1828389/6‑289 (MQ=255)
aTGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCt > 2:187739/1‑289 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGGT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 1:544101/287‑1 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 1:1127022/287‑1 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 1:1718578/287‑1 (MQ=255)
aCGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGt > 1:1241117/1‑289 (MQ=255)
gTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATc < 1:458644/289‑1 (MQ=255)
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ccAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTaa < 1:427935/288‑1 (MQ=255)
cggCTGCCAGTGCTTGTGCGCCAGCTGTTTGTCTATCAACCGCACGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACCAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGGACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAata < 2:1649421/287‑1 (MQ=255)
gtccgtgggttGTCGGCCAGCTGATCTTCCATCACCAGTCGCTTGCCGCTGGCGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTATCTCCTGCCATTCTGCAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGTACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATGCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAatat < 2:1552375/277‑1 (MQ=255)
gCTTGTCGTCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACa < 1:309617/288‑1 (MQ=255)
gCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACa < 2:1331942/288‑1 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCTTGCAATTTAACAACCTGCTTTTTGCCAAATGGTTGGTAACCCCACCAGCCAACCACAAAGGGCTCTTTGACCGGTGGGGAAAAAT‑AATGGAATAAATTTGTAAGTTTGTCCA‑GTTTTTGCCAAAGGT‑TGATTCGGTACCAAAGCACGATTT‑CATGCCATTAGTTATACCTTGTTTCAGAAATCCCCACTTCAATATTGGCAtcaaacgct > 2:384479/1‑281 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTa‑cac > 1:1156894/1‑220 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTa‑cac < 2:1156894/220‑1 (MQ=255)
cAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAAt > 1:1285435/1‑289 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1768834/289‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1866606/286‑1 (MQ=255)
cGGGTGCCGCGGAAGGAGCGTACGCCAGTCATTTTGTAACCCACTAAATCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1614679/286‑1 (MQ=255)
ggTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaa < 2:1090111/289‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaaa > 1:1899686/1‑289 (MQ=255)
gTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaaa > 2:413392/1‑289 (MQ=255)
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cGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAaaaataaaa < 2:258181/289‑1 (MQ=255)
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tCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTaa < 2:611113/185‑1 (MQ=255)
tCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACgatgat < 1:1670071/205‑1 (MQ=255)
tCAATGGAT‑GAATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑TGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCAGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCCCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCt > 1:875875/1‑288 (MQ=255)
||||
GAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAA‑CTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTC‑ACTTTCGTTA‑CACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGC > CP042583/662665‑663226
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
