Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
664,910 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 664,910 | 0 | A | T | 99.7%
| 829.2
/ NA
| 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (172/176); minor base G (0/1); total (172/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 664,911 | 0 | G | C | 100.0%
| 830.9
/ NA
| 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (172/177); total (172/177) |
| * | CP042583 | 664,912 | 0 | T | A | 99.7%
| 828.6
/ NA
| 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (172/175); minor base G (0/1); total (172/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
TTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCA > CP042583/664632‑665189
|||
tttATCTGCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtggt < 2:2029201/289‑1 (MQ=255)
ttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtgg < 1:2247860/287‑1 (MQ=255)
ttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtgg < 1:310190/287‑1 (MQ=255)
tCTTTCCTTAAAAAAATCGTTCTCAGGATAAGGACAATAAATAAAGGAATTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTAATATTAGCGATTCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTc < 2:293569/289‑1 (MQ=255)
cTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCg < 2:2070908/289‑1 (MQ=255)
tCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtg > 1:719269/1‑280 (MQ=255)
tCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGt > 2:1023564/1‑289 (MQ=255)
aaaaaaTTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTa < 2:316726/289‑1 (MQ=255)
gTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGt < 1:933528/289‑1 (MQ=255)
gTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGt < 2:1285674/289‑1 (MQ=255)
gACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAacca > 2:1542815/1‑288 (MQ=255)
caatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 1:226199/289‑1 (MQ=255)
acagcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 1:1896117/285‑1 (MQ=255)
aaatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:2215286/288‑1 (MQ=255)
atcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc > 2:544844/1‑289 (MQ=255)
atcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTAAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCAGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTGAAACAAgcgcc > 2:794196/1‑289 (MQ=255)
tcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg > 2:348173/1‑286 (MQ=255)
aCTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCgg > 1:2009268/1‑289 (MQ=255)
aCTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCgg > 1:1248847/1‑289 (MQ=255)
aCTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAAAAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGc < 2:1170731/287‑1 (MQ=255)
cTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCgg < 2:225571/288‑1 (MQ=255)
cTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGt > 1:544140/1‑289 (MQ=255)
aTGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActctt < 2:681615/289‑2 (MQ=255)
tGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAcgcttc > 1:1284481/1‑287 (MQ=255)
aTACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAACTCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTTCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGCTAACTTCTCCTACGCTGCGTTTACAACCACCGCCGCATTAAGCGTGTActcttcaggta > 2:1883833/1‑281 (MQ=255)
aTACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGt < 1:892660/245‑1 (MQ=255)
aTACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGt > 1:1033251/1‑245 (MQ=255)
aCAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc > 2:934765/1‑288 (MQ=255)
agaaCAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTa > 1:1684358/1‑269 (MQ=255)
agaaCAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg > 1:1429677/1‑287 (MQ=255)
tGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAt < 1:424753/289‑1 (MQ=255)
cTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgtg > 1:1665105/1‑288 (MQ=255)
ttCTGATATTAGCGATCCCAGGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:49643/289‑1 (MQ=255)
cTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTctcggcgt > 1:206364/1‑252 (MQ=255)
cTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTctcggcgt < 2:206364/259‑8 (MQ=255)
tCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg > 1:617489/1‑289 (MQ=255)
tCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg < 1:118716/289‑1 (MQ=255)
cATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt > 1:178280/1‑289 (MQ=255)
cATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt < 2:606535/289‑1 (MQ=255)
tattGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg > 2:1927130/1‑248 (MQ=255)
tattGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg < 1:1927130/248‑1 (MQ=255)
tattGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa > 2:1452948/1‑288 (MQ=255)
tattGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa > 1:703589/1‑288 (MQ=255)
attGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGtt < 2:719379/268‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGttt > 2:765021/1‑236 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAGct > 1:1951186/1‑289 (MQ=255)
tGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctg < 1:274164/289‑1 (MQ=255)
gTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATct > 2:148651/1‑286 (MQ=255)
tATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgctg < 2:182670/286‑1 (MQ=255)
tATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctgctg > 1:182670/1‑286 (MQ=255)
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gATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTTACCACCGGTTTAGGTAAACGTCTTGCCTACTTGCTGATTGGTAAAATCGGTAaca > 2:1395004/1‑288 (MQ=255)
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aGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGc < 2:702211/289‑1 (MQ=255)
aGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGc < 1:1878202/289‑1 (MQ=255)
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cTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTTGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGgttacgtta < 2:199532/289‑1 (MQ=255)
tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:510402/135‑1 (MQ=255)
tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCTTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGAAAACGTATTGCCTAACTTCTGATTGGTAAAATCGGTAACCCCACACTGGGTCTGGgtttctgttc > 2:2135844/1‑282 (MQ=255)
tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGgttacgtta > 1:2107975/1‑288 (MQ=255)
tACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGt > 1:1064829/1‑249 (MQ=255)
tACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGt < 2:1064829/249‑1 (MQ=255)
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aGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCt < 2:1309805/256‑1 (MQ=255)
aGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCt > 1:1309805/1‑256 (MQ=255)
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aaCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTATACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTTGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCCAACACCGCCCGTgc > 2:238470/1‑289 (MQ=255)
gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTgcggg < 2:1415840/287‑1 (MQ=255)
tCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTgcgggcgg > 1:2194252/1‑289 (MQ=255)
aCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCAt < 1:1755326/288‑1 (MQ=255)
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ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTAc < 2:1699683/282‑1 (MQ=255)
|||
TTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCA > CP042583/664632‑665189
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
