Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
664,910 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 664,910 | 0 | A | T | 99.1%
| 768.3
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/184); minor base G (1/2); total (142/186) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 664,911 | 0 | G | C | 99.1%
| 763.9
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (140/183); total (142/186) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 664,912 | 0 | T | A | 99.1%
| 768.6
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (142/180); minor base G (0/3); total (142/186) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
AGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCAT > CP042583/664630‑665190
|||
aGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtg < 2:1154108/289‑1 (MQ=255)
tttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtggt < 2:1662242/289‑1 (MQ=255)
ttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtggtg < 1:1897478/289‑1 (MQ=255)
ttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTATCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtggtg < 1:436532/289‑1 (MQ=255)
tCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTc < 1:12910/289‑1 (MQ=255)
tCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGt > 2:1952923/1‑289 (MQ=255)
ccTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTa > 2:1520140/1‑288 (MQ=255)
cTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTa > 2:921246/1‑287 (MQ=255)
aaTTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCg < 1:297025/289‑1 (MQ=255)
gTTGTCATGATAAGGAAAAGCAATAAAGGAGTTGTGTATGAGGCAGACAGAAAGAACAGTATGTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATGAGCGATCCCATGTATGATGGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGt < 2:304733/289‑1 (MQ=255)
caatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 1:1043312/289‑1 (MQ=255)
caatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 1:990598/289‑1 (MQ=255)
caatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:1448883/289‑1 (MQ=255)
caatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:599540/289‑1 (MQ=255)
atatcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATAAAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:753974/287‑1 (MQ=255)
atcaatAAAGGACTTCTGTATTAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGTGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc < 2:1281420/289‑1 (MQ=255)
atcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc > 1:1423314/1‑289 (MQ=255)
atcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc < 2:1610169/289‑1 (MQ=255)
tcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccg < 2:276329/286‑1 (MQ=255)
tcaatAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGGTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgccg > 1:1201538/1‑289 (MQ=255)
aCTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACAACCGCCGTATTAAGCgg > 2:1781367/1‑289 (MQ=255)
cTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTTCGTTTAAAACCACCGCCTTCTTAAGCGGta > 2:1866280/1‑286 (MQ=255)
cTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGtt > 1:522030/1‑287 (MQ=255)
cTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 2:1551339/289‑1 (MQ=255)
atGTATGAGTAATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATCAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 2:1667397/288‑1 (MQ=255)
cATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActcttcaggt < 2:1721783/288‑7 (MQ=255)
aTACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCTGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTg > 2:431108/1‑246 (MQ=255)
aCAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc > 1:1707170/1‑288 (MQ=255)
agaaCAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACAACCGCCGGATTAAGCGGTTAATCTTCAGCTACCACctg > 2:990339/1‑287 (MQ=255)
agaaCAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCCCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg > 1:219933/1‑287 (MQ=255)
ggATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtgt > 1:904009/1‑289 (MQ=255)
aaTGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTctcggcg < 2:1061559/289‑7 (MQ=255)
gttATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTTAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc < 1:1129926/288‑1 (MQ=255)
ttCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:1935415/289‑1 (MQ=255)
ttCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:374925/289‑1 (MQ=255)
ttCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:1720448/289‑1 (MQ=255)
gATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt < 1:562657/289‑1 (MQ=255)
tatTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTTCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGtt < 1:1371230/288‑1 (MQ=255)
aGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt < 1:1949280/289‑1 (MQ=255)
tCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg > 1:350158/1‑289 (MQ=255)
cATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt < 1:379788/289‑1 (MQ=255)
cATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTACTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt < 1:1281825/289‑1 (MQ=255)
tGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAACCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAtt > 1:978945/1‑288 (MQ=255)
tattGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa > 1:881490/1‑288 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTTTTACCACCGGTTTAGGTAACGGTATTGCCTATc > 2:1634338/1‑288 (MQ=255)
ttGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTCTTGCCTATct > 1:1762408/1‑289 (MQ=255)
gTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATct > 2:659365/1‑286 (MQ=255)
tttATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCTTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTTACCACCGGTTTGGGTAAACGTATTGTCTACATGCTGa > 2:525024/1‑289 (MQ=255)
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ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGatca > 1:1209378/1‑288 (MQ=255)
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AGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCAT > CP042583/664630‑665190
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
