Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
673,647 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 673,647 | 0 | A | T | 99.5%
| 466.2
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (91/108); total (93/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 673,648 | 0 | G | C | 98.5%
| 462.6
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (91/106); total (93/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 673,649 | 0 | C | G | 99.0%
| 460.5
/ NA
| 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (89/108); total (93/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGAGCCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAG > CP042583/673369‑673923
|||
tAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑c > 1:1081211/1‑288 (MQ=255)
tcatcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtttt > 1:616923/1‑289 (MQ=255)
tcatcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtttt > 1:1628771/1‑289 (MQ=255)
atcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGc < 1:452347/289‑1 (MQ=255)
tcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCt < 1:437790/289‑1 (MQ=255)
tcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCt < 1:211099/289‑1 (MQ=255)
cgggCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCa < 1:886564/286‑1 (MQ=255)
tGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCTGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCTGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCAc > 1:633382/1‑288 (MQ=255)
tGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTTCCGACCGGCCTAGCCATGCCTCATTGCTGGCAGGTGCCCGGTTAAGCCACGAGCC‑GCTTCCCCCGTTTTG‑TCATAA‑CGATggcca > 2:535642/1‑284 (MQ=255)
ccTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCCCATTGCTGGAAGCTGCCTGTTTAAGCC‑CGTCGCCGCTT‑CGCCGTTTTGCTCCTAA‑CGTTGTCAcccc > 2:2071660/1‑286 (MQ=255)
cagGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGgcgc > 2:2005838/1‑289 (MQ=255)
gggAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGAttgc < 1:478545/287‑1 (MQ=255)
cGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTGGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGAttgc < 1:229155/288‑1 (MQ=255)
cagtttGGCATAGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATtgcttgct < 1:1962056/285‑1 (MQ=255)
ttGGGATGGGGAGCGGCGGCGCCGGTGACGGGAGCGGTTATGGCGTGGTGCATCAGGATCTGGAAGAAGGGGTGGCCGAGTGGCTTGGCTAGTCTGGGGCTGTGCTGTTTATTGCTGATTTGGCCGGTAATCAGGTAGTTATTGCCGCGATGAGGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCGCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTGGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcccc < 2:288539/289‑1 (MQ=255)
ttGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcccc < 1:1713971/289‑1 (MQ=255)
cATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGGTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCGTGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTTAGCC‑CGTCGCAGCGT‑CGCCGGTTTGTTCATAA‑AGCTGTTCTCCATTTGCCGCGTTTTCTATTTTcccctcc > 2:1962056/1‑285 (MQ=255)
gcGGTGGCGGCGGGTCCGGTAACGTCAGCGGTTATAGGGGGGTGCATCAGGAACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTc < 2:2094600/287‑1 (MQ=255)
gcTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGAACGGCTTAGCCATGCCCCATTGCTGGGAGCTGCCAGGCTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTAACTCATTTGTAGACATTGCTTGCTTCTCCCTGCCCGGGTCCGCTAAt > 2:1231345/1‑289 (MQ=255)
cTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAAt < 1:1247015/288‑1 (MQ=255)
cGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAAtggtg < 1:50552/289‑1 (MQ=255)
tCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGTCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATggtggt < 1:1863101/288‑1 (MQ=255)
ggTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGc < 1:273931/288‑1 (MQ=255)
ggTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGc < 1:1089849/288‑1 (MQ=255)
gggtgCATCGGGCACTGGAAGAAGACCTGGCCGAGTGGCTTGGATATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTGTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCTGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCTGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGGCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCa < 2:633382/287‑1 (MQ=255)
gtgCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCAt > 1:165167/1‑204 (MQ=255)
gtgCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCAt < 2:165167/204‑1 (MQ=255)
gtgCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGCTTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATgg > 1:590168/1‑289 (MQ=255)
gtgCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATgg > 1:2160501/1‑289 (MQ=255)
gtgCATCAGGCAATGGAGGAAGGGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACGGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATg < 2:1515517/288‑1 (MQ=255)
gctgcAGGCACTGGAAGAAGGGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGGTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAATAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGa < 1:972202/284‑1 (MQ=255)
gCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGa < 1:1294788/288‑1 (MQ=255)
gCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGa < 1:1748465/288‑1 (MQ=255)
ctgCACTGGAAGAATGGCGGGCCTGTTGGCTTGGCTATTCGCGGGGACTGCTGTTTATCTCTGTGTTCGCCGCTAGTCAGGCAGTTTTTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGa < 2:1268434/287‑1 (MQ=255)
cACTGGAAGAAGGGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGa < 1:370638/286‑1 (MQ=255)
aCTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCCGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCATCCTGGACGGCgcgagt > 2:659962/1‑284 (MQ=255)
tGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTgc > 1:1254398/1‑289 (MQ=255)
tGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTgc > 1:1711627/1‑289 (MQ=255)
gagCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCa > 2:1994633/1‑265 (MQ=255)
gagCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCa < 1:1994633/265‑1 (MQ=255)
gCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCa < 1:97838/191‑1 (MQ=255)
tGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGACAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGCAGCTGCCAGTTTAACCC‑CGTCGCAGCTT‑CCCCGTTTTGCTCATAATCGA‑GTCACCCATTTGCCGCGATTGCTTGCTTTCCCCTGTCCGGGGCAGCAACTGGTGGTTACAGAAGGCGCGTTCCGCCTGGTCGGCGAGCTGGCGACACTGGCgta > 2:719185/1‑287 (MQ=255)
tGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGa > 2:2074366/1‑289 (MQ=255)
tGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAC‑CGATGTCACGCATTTGGCGCGATTGCTTTCTTCCCCCTGTCCGGGGCTGCATATGGTTGTGACAGAAAGCGTGTGCAGCATGTACGGCGCTAGGTCGCCACTGTCGGa > 2:1890767/1‑289 (MQ=255)
ggCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTTCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGaa > 2:1587021/1‑289 (MQ=255)
gCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtt > 1:385657/1‑169 (MQ=255)
gCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtt < 2:385657/169‑1 (MQ=255)
gTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACGGGCGGAAATCca > 1:950971/1‑288 (MQ=255)
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gctgTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGc < 1:500804/289‑1 (MQ=255)
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cAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTTCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCcacggca < 1:2208984/289‑1 (MQ=255)
gCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGgca < 1:1939046/167‑1 (MQ=255)
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gCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCcacggcacgg > 1:1516936/1‑289 (MQ=255)
aGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACggg < 2:1711627/288‑1 (MQ=255)
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tATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCTCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCCACAGCAAAATGGCTGGTTGATGGTACGTGATGCCCACGGGCCGGGCGtt > 2:1481765/1‑289 (MQ=255)
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tATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCCTGCTTCCCCCTGTCCGGTGCAGCAAATGGTGGCGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCAGTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGATGGTTGATGGTCGCTGATGCCCACGGCTTCGGCGTTATCGGGGCGCAGGGGCGGGGCAGCTgatgg > 2:306859/1‑289 (MQ=255)
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|||
TAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGAGCCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAG > CP042583/673369‑673923
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A