Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
734,272 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 734,272 | 0 | A | T | 99.6%
| 603.7
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/116); minor base G (1/0); total (142/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 734,273 | 0 | G | C | 98.8%
| 588.7
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (140/115); total (142/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 734,274 | 0 | C | G | 99.6%
| 602.9
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (141/116); total (142/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGG‑ATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑AGCTTTGTCGA‑TGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553
|||
cAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATctcgt > 1:245784/1‑285 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCAttt > 1:1310530/1‑287 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGC‑GTGTGCGGGTAGCCCGTTTCCGGCAttt > 2:619374/1‑287 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGTCGGGTCGGTTGAGTATGACCATTGTGGTGTCGGGG‑ATCGCGTGTCCGGCGTTTGc > 2:1670194/1‑287 (MQ=255)
tCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCCTGTTTTCGGCATTTGCTCTgggg > 2:502341/1‑289 (MQ=255)
ggATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAg < 1:1278568/289‑1 (MQ=255)
ccGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCCTTTGCTCTGGGGATGCCTTTAATTCAGGTTTtc > 2:874764/1‑288 (MQ=255)
ccAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCAGGCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTGGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCACCGTTGAACTg > 1:1721947/1‑289 (MQ=255)
gTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAAtt > 2:523596/1‑265 (MQ=255)
tGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCCCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTTTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGGAGTTGCTCTGGGGTGGCGTTTAATTCAGGTATTCTCCTGTGACCTGgtctgg > 2:1433533/1‑288 (MQ=255)
aCTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGc < 2:1009587/288‑1 (MQ=255)
atatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGCTGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCCACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATTGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGCTCGATTGAGTATGACCGTTGCGGTGTCGGGG‑CTCTTGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCTTTGATATTGGCTGGCTGCCTa > 2:2241015/1‑288 (MQ=255)
atatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGcc < 1:1580544/286‑1 (MQ=255)
acgCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCGGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTg < 2:1571898/287‑1 (MQ=255)
cAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAAc < 2:205411/266‑1 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGTGATTGTGGCCTGTCGATCGTGTAGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTCTATGCCCACGCTGTGGCTGACCATAACCAGCATGATCCGGGCGGGTATATTTGGTATGCCGGCGGCAATTATCGCCGCCGCCTGGCGTAACCGTTGCCTGGCTCGATTGAGTATGAACATCCCGGGTTCGGGG‑ATATCGTTTCCGGCATTTGCCCTGTGGAAGCGTTCAATTCACGTATACTCCGTTGATCTGGGCTCGCTGCCTACAGCGGgcgc > 2:264886/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGc > 1:1803092/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGc > 1:1010366/1‑289 (MQ=255)
gCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGACTTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAg > 2:2108394/1‑289 (MQ=255)
tgtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGa < 1:1388053/288‑1 (MQ=255)
tgtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGa < 1:862739/288‑1 (MQ=255)
tgtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGa < 1:1467553/288‑1 (MQ=255)
gtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATTGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggc > 2:287403/1‑264 (MQ=255)
gtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggc < 1:287403/264‑1 (MQ=255)
gggATTTTGGCATGTAGGTGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTgg < 2:136047/287‑1 (MQ=255)
ggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 2:1727414/240‑1 (MQ=255)
gATTTTGGCCTGTGGCTGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGGTGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcag < 2:1535633/288‑1 (MQ=255)
gATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagc > 2:677921/1‑289 (MQ=255)
ttttGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGa < 1:1251567/218‑1 (MQ=255)
tcgatggtgtcgcgtcgtCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTa > 2:750267/13‑288 (MQ=255)
tcCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGCGCAGACAGTTGGCCGCACTACATTTTACTCTCCCTGACGCTCgg > 2:694387/1‑288 (MQ=255)
tGAGATTGCCCGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGgc < 2:1324866/288‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTATGCCAACGCTGTGGCTGAGCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTGTGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATgg < 2:161105/288‑1 (MQ=255)
acagCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATgg < 1:350871/285‑1 (MQ=255)
cGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATgg < 1:767360/286‑1 (MQ=255)
gCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCGGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgggcg < 2:343711/289‑1 (MQ=255)
tATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑ttt > 1:23429/1‑289 (MQ=255)
tATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑ttt > 1:910504/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTTCCTGACGCTCGGCCCGGCAGTGGCCGCCGTGTTGGCGCGCTTTTA‑CCcgc > 2:194783/1‑288 (MQ=255)
gtgGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 2:1250319/168‑1 (MQ=255)
tgGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCcgcgcgtcgt > 1:16597/1‑285 (MQ=255)
gCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCcgcg < 1:2096067/281‑1 (MQ=255)
ccATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATAGTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGGCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑TCGTTTGTCg < 1:1161485/288‑1 (MQ=255)
tAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGACTTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCTGGTATCCTCCGTTGAACTGGGCTGTCTGCCTACCGTGGGAGCATACAGTTGGCAGCACTACATTTTACACTCCCTGACGTTCGGCGCGGCAGTGTCCGCCCGCATCGTGCGC‑CTTA‑CCCGCGCG‑TCGTTCGTCGA‑TGt > 2:1648987/1‑289 (MQ=255)
aCCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGGGGGAGCAGACAGTTTGCAGACCCACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCCGCAGGGCCCCCCGGGATGTCGCCC‑TTTT‑CCCCTGCGCCGCTTTGTctctcct > 2:2096067/1‑283 (MQ=255)
tATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGgctggctg < 1:1826199/172‑1 (MQ=255)
tATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGCTGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑TCGGTTGTCGC‑TGTTTTAAGc > 1:1033795/1‑289 (MQ=255)
aTGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑TCGTTTGTCGA‑TGTTTTAAGCg < 1:2246250/289‑1 (MQ=255)
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tGCGGTGTCGGGG‑ATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑TCGTTTGTCGA‑TGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTa > 1:71675/1‑289 (MQ=255)
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CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGG‑ATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGC‑TTTA‑CCCGCGCG‑AGCTTTGTCGA‑TGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
