Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
734,272 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 734,272 | 0 | A | T | 99.0%
| 479.8
/ NA
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/97); minor base G (2/0); total (109/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 734,273 | 0 | G | C | 99.0%
| 469.2
/ NA
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (108/95); total (109/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 734,274 | 0 | C | G | 99.0%
| 478.5
/ ‑6.4
| 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/95); minor base T (0/2); total (109/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553
|||
ttATGGAAGTGGTGTGTCA‑CAGTTGGGGTGTGGGTCAGCAGCGGTATCACCTATTCTGGCACTATATCAGAAATGCTGTTCAGGGGGCTTTTGGCCTGTCGATTTTTTCG‑CGTTGTCCGGTTGCCGATGAGATTTCCAGCCGCTTTATGCCAACTCTGTGGCTGACCATTACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATctcgtttcc < 2:1714029/289‑9 (MQ=255)
aaCTGGTGCGTGAGGCGCTGGGGG‑TGGGTCAGCCGCTGTTTCACCAGTTCTGGCACTATGTCAGAAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCGTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt < 2:34478/288‑1 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAttt > 1:805498/1‑287 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGGATGACCATTGCGGTGTCGGGGATGTCGTTTCCGGCATTT‑Gc > 1:1499266/1‑287 (MQ=255)
cagcagCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTgggg < 1:1340604/288‑1 (MQ=255)
agcTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGAt < 1:830335/286‑1 (MQ=255)
aGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATCTTTGGTATGGCCGCGTGCATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGACCGGATCGCTTGAGGATGTCCCGTGCGGTGGTGGGGACCTCGATTCCGGCCTTT‑GCCCTGGGGATGCGTTTACTTCATGTAtt > 2:741658/1‑289 (MQ=255)
ccGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATtc > 1:1782475/1‑288 (MQ=255)
cGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 1:1009410/286‑1 (MQ=255)
gTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTCTGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑Gctc > 2:1610718/1‑257 (MQ=255)
gTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGtt > 2:669986/1‑289 (MQ=255)
aTCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGa < 1:93202/289‑1 (MQ=255)
aCCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGa > 1:1518546/1‑286 (MQ=255)
tCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTGGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggc < 1:1643347/287‑1 (MQ=255)
tCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggct < 2:1182618/288‑1 (MQ=255)
cTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGGTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGTCCGTATCGATTGCGTATTTACAGTTCGGGGTCGGGGATCCGGTTTCCGGCATTT‑GCTCTAGGGCTGCTTTTAATTCGCGTCTGCTCCGTGGAACTgg > 2:1643347/1‑284 (MQ=255)
gCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTgggg > 1:1251213/1‑247 (MQ=255)
ctttttCAGCAAGGCTGTGCGGGGGGGTTTTGGCCTGTCGATGG‑GTGCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGACGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCt < 2:1152301/284‑1 (MQ=255)
tatCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTTCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGGCCGTGGTGCT‑CTTTTAATTCAGGATATCCCCCTTTAACTGGGGTGGTTGCCTccc > 2:1205217/1‑289 (MQ=255)
gCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGGTCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTTGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCTTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTggttgtcg > 2:1210225/1‑283 (MQ=255)
tgtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt < 2:416612/218‑1 (MQ=255)
tgtgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt > 1:416612/1‑218 (MQ=255)
tgCAGGGGGATTTTGGCCTGTGCGTGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACa < 2:1290796/288‑1 (MQ=255)
tgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCa < 1:767352/241‑1 (MQ=255)
tgCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAg > 1:1411281/1‑289 (MQ=255)
aGGGGGATTTTGGCCTGTCGATTGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGtt < 2:805498/288‑1 (MQ=255)
ggggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgc > 2:221813/1‑289 (MQ=255)
ggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGTTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCAt > 1:705553/1‑209 (MQ=255)
ggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCCTTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGTTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGAcgggtgtag > 2:702058/1‑280 (MQ=255)
ttttGTCCTGTGGAGGGTGTCG‑CGTGGTCCGGTTGCCGATGACATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 2:1844664/288‑1 (MQ=255)
ttttGGCCTGTGTATGGTGTTG‑CGTCTTCCGGTTGCCGGTTAGATTGCCAGCCGCTTTATGCAAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 2:1938759/289‑1 (MQ=255)
ttttGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGCTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GATCTGGGGCTGCTTTTCATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca > 2:1571223/1‑288 (MQ=255)
ttttGGCCTGTCGATGGTGTCG‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 2:1379533/288‑1 (MQ=255)
tcgatggtgtcgcgtcgtCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATTTTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTTGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTTAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTa > 1:1286330/13‑288 (MQ=255)
tcgatggtgtcgcgtcgtCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTTAGGTATTCTCCGTTTAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGCCAGTTTGCAGCCCTCCGttttc > 2:1235836/13‑287 (MQ=255)
cgatggtgtcgcgtcgtCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTAcc < 1:1205217/278‑1 (MQ=255)
ggtgtcgcgtcgtCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCa > 2:609771/8‑259 (MQ=255)
tcCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGCTCTCGTTTCCGGCATTT‑GCCTTGGGGATGCCTTTAATTCAGGTTTTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTTCCGTGGGGGCCGACACGTTGCACGCCTACACTTTACCCCCCCTGCCCCTCggg > 2:1260943/1‑288 (MQ=255)
tcCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGgc > 1:1115045/1‑289 (MQ=255)
gATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTg > 1:1740887/1‑288 (MQ=255)
gATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATAACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTg > 1:484427/1‑288 (MQ=255)
tgaagtgtacAGCCGGGTTATGCGAACGCTGTGCTTGACCGTAACCAGTAGGTGCTGGGCGGGTATAGTTGGTATGGCGGCGGGACTTATCGGCGCAGTCTGGCGTAGCCCTGGGCCGGATCGAGTGAGTATGACCATTGCGGGGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGgc < 2:1139219/279‑1 (MQ=255)
tGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGgc < 1:375226/288‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCCCGGAGCGGCAGTGGccgccggg > 1:1934066/1‑287 (MQ=255)
ggCCGCTTTGTGCCCACGCTGGGGCTGACCCTAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATgg < 2:1518546/288‑1 (MQ=255)
ccGCTTTATGCCAACGCTATGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATGTTTGGTATGGCGGCGTGAATTATCGCCGCAGTCTGGCGTACCCGTTGGCCGTACAGAATGAGTATGGCCATTGAGGAGTCGGGGAACTCGTGTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGTAGCTTTAATTTCCGGTAGTCGCCGTTGAAATGGCCTGGCTGCCTACCGGGGGTGCAGAAGGTTGCGAACAAGACGTATTCGCCTACCTGACACTCGCCGCGGCGGTGccctgctagtcatgg > 2:1672898/1‑277 (MQ=255)
gCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcgc > 2:540639/1‑288 (MQ=255)
aCCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCcgcgcgtcggttgtcg > 1:354557/1‑279 (MQ=255)
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|||
CAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGT‑TGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGC‑CGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTT‑GCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/733996‑734553
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
