Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
811,053 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 811,053 | 0 | A | T | 99.6%
| 598.7
/ NA
| 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/128); minor base C (1/0); total (123/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 811,054 | 0 | G | C | 98.8%
| 588.2
/ NA
| 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (122/127); total (123/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 811,055 | 0 | C | G | 100.0%
| 595.6
/ NA
| 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/129); total (123/129) |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATAGCCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATAGCGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAAC > CP042583/810774‑811332
|||
gCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGAt < 1:115551/288‑1 (MQ=255)
agagAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGc < 1:1661551/288‑1 (MQ=255)
gaagaTTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGc < 2:373232/285‑1 (MQ=255)
ttCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGTCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTaaa > 1:1010114/1‑289 (MQ=255)
tcCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTg < 2:959823/289‑1 (MQ=255)
tAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAgg < 1:1930318/288‑1 (MQ=255)
aaCGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCt < 1:1454711/289‑1 (MQ=255)
aCGCGCAACCCAGGAAAATAATTTCCCAAAGGGATTTTATGCCTGTCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTg < 2:642419/289‑1 (MQ=255)
cgcgCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAAGACCCTGGGGCAAGTAGCGGCGCTGGTATCCTCGATTCATGCCCCGCTTAAAGTGCTATGAGCGGATTCTg > 2:213897/1‑288 (MQ=255)
gcAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTCTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACa < 2:728207/288‑1 (MQ=255)
cAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGTGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTaaa < 2:977945/265‑1 (MQ=255)
cAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAg < 1:2040605/288‑1 (MQ=255)
aTTTCCAAGAGGGATGTTATGCCTGGCGTTGATGGTTGGGGTTTGTGCCAGTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGCATGATGTTTGACTGGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACAAACAGTAAGTATTAAGCCTTTCAGACGCTTGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTCTAATGGTGATTTACGCCACTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATTCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTccag < 2:1014522/287‑1 (MQ=255)
aTTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTccag < 1:980880/287‑1 (MQ=255)
tCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTTCTATTAGGTGATGCTGACCGCAAATATATTCCCGCCAGt > 2:2190990/1‑289 (MQ=255)
aaaaGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTa < 2:1581228/289‑1 (MQ=255)
aaGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATg < 1:1847506/289‑1 (MQ=255)
aTGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGt > 1:156773/1‑288 (MQ=255)
ttggcttGGGGGTGATGCTTGCGGTTTGGGCCGTTCTGGGCTCTCTTGCAATGGGTATGATGTTTGATTCGCGTCATATCCCGGATAACTTAATGACCAACGATCAGTATTTAGCCGTTCAGAAGCTGGCCTAGTATTACAACATGGGTTATACTTTAATGGAGAGTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATGCTGGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGAAGCTGACCGCAAATATATGCCAACCAATTTATGG‑AGTACGaa < 2:658115/283‑1 (MQ=255)
tATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCaa < 1:879740/289‑1 (MQ=255)
cGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTccagc > 2:339809/1‑262 (MQ=255)
tGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCCATTAGGTGATGCTGAGAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGtt > 1:2233721/1‑289 (MQ=255)
tttGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATg > 1:1884152/1‑288 (MQ=255)
ttGTGCCATTCTGGGGTCGGTGGCGATGGGGATGATGTTTGCTTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGc < 2:1212781/289‑1 (MQ=255)
tgtgCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCt < 2:24995/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCt < 1:1968719/289‑1 (MQ=255)
ggctcgcTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTccag > 2:1906548/7‑232 (MQ=255)
gcTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCaa > 2:583962/2‑246 (MQ=255)
gcTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCaa < 1:583962/245‑1 (MQ=255)
gcTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGt > 2:1926136/2‑288 (MQ=255)
gcTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGt > 1:1977581/2‑288 (MQ=255)
gggATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGa > 2:1041175/1‑289 (MQ=255)
tgatgTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGAt > 2:1871860/1‑286 (MQ=255)
ttgattcgcGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTAt < 1:1337441/281‑1 (MQ=255)
tgattcgcGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTAtg < 2:27371/282‑1 (MQ=255)
cgcctAATATCCCGTATGACTTAATTACCAACTGTCATTATTACGCCTTTCAGAAGCATGGCGAGTATTTCAACATGTGTAATACTTTAATGTTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCTTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTTGCGATTCTGATTATGCTGcc < 1:352014/285‑1 (MQ=255)
cGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCg > 1:1269804/1‑288 (MQ=255)
atatCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGActct < 1:1041175/289‑1 (MQ=255)
ccGGATGACTTAATGACCAACGGTAAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCa < 2:1816436/289‑1 (MQ=255)
cGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGTCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTAGTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACGGGTTGCGATTCTGTTTATGCTGCCGACTCCCGCCag > 2:496611/1‑288 (MQ=255)
aTGACTTATTGACTAACGGTAAGTATTACGACTTGCAGAAGCCTGGCGAGTATGACAACCTGGGTCATACTTGAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTAGTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTg < 2:1171202/288‑1 (MQ=255)
aTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTg < 1:1528291/288‑1 (MQ=255)
cTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGat > 1:1117772/1‑289 (MQ=255)
tGACCAACGGTCAGTATTACGCCGTTAAGAAGCTGAGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTTCGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGaa < 2:455218/289‑1 (MQ=255)
cAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGAGATATGAACAAt < 1:586381/289‑1 (MQ=255)
aTTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCAAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGGGATATGAACAATCTCTATAAAt < 1:1023263/288‑1 (MQ=255)
ttCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCt < 2:13498/134‑1 (MQ=255)
ttCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACCGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTa > 1:1731154/1‑215 (MQ=255)
ttCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGT‑CGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTa < 2:1731154/215‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
