Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,779,103 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,779,103 | 0 | A | T | 100.0%
| 314.7
/ NA
| 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (53/79); total (53/79) |
| * | CP042583 | 1,779,104 | 0 | G | C | 99.2%
| 311.3
/ NA
| 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (52/79); minor base A (1/0); total (53/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,779,105 | 0 | T | A | 100.0%
| 315.6
/ NA
| 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (53/79); total (53/79) |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAAAGTCCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACT > CP042583/1778824‑1779373
|||
tATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGaa < 2:1927230/288‑1 (MQ=255)
tATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGaa < 2:1517350/288‑1 (MQ=255)
acacGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACACGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTa > 1:1266282/1‑289 (MQ=255)
gACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAg < 1:536384/289‑1 (MQ=255)
gACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAg < 1:266670/289‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAAtttt < 1:613010/289‑1 (MQ=255)
cGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTaa > 1:1421410/1‑289 (MQ=255)
gggAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATc > 2:1005563/1‑289 (MQ=255)
aaaGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGCAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGCGGTTAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTACTCGtt > 2:1317511/1‑288 (MQ=255)
aaaGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGt < 1:551813/288‑1 (MQ=255)
aaGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTg < 2:1445412/288‑1 (MQ=255)
aaGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTg < 1:1437364/288‑1 (MQ=255)
aGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGaa < 1:1477965/289‑1 (MQ=255)
gatgatCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTa < 1:1780304/289‑1 (MQ=255)
gatgatCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTa < 1:1213304/289‑1 (MQ=255)
atgatCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTa < 2:2166102/288‑1 (MQ=255)
tgatCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAAGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTAc < 1:1614000/288‑1 (MQ=255)
atCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGa < 2:2079666/289‑1 (MQ=255)
tCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGa < 2:1421410/288‑1 (MQ=255)
tCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGa < 1:1944276/288‑1 (MQ=255)
aaaaGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTc < 2:1856442/289‑1 (MQ=255)
gCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAAcc < 1:15588/287‑1 (MQ=255)
ttGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGaaa < 2:1628769/288‑1 (MQ=255)
tGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCaataaata < 1:2070628/289‑1 (MQ=255)
tACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGaataat < 1:1177239/289‑1 (MQ=255)
tACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCGATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGaataat < 2:1104598/289‑1 (MQ=255)
tACGATTATGAGGTCCCTGTAACTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGaataat < 2:740033/289‑1 (MQ=255)
cccTGTACCTGAAGATCCG‑TTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAAGAATATACTCTAaataat < 1:684551/288‑1 (MQ=255)
ccTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATAACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAAtt > 2:1635762/1‑289 (MQ=255)
tGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGaaa > 1:936757/1‑257 (MQ=255)
aaGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTg < 1:1329761/228‑1 (MQ=255)
aaGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTg > 2:1329761/1‑228 (MQ=255)
aaGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGt > 1:174033/1‑288 (MQ=255)
tCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCa < 1:2022576/246‑1 (MQ=255)
tCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGaataat > 1:2239539/1‑260 (MQ=255)
tCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGaataat < 2:2239539/260‑1 (MQ=255)
tCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGa < 1:58335/255‑1 (MQ=255)
tCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACGGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCa > 2:2022576/1‑246 (MQ=255)
gTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCg < 1:89980/289‑1 (MQ=255)
gccTTCCGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATGATTTACAGGTTCCGGCTATCGACTGGCGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAGAGTGAACGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGgcgc < 2:1985636/288‑1 (MQ=255)
cTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCaa < 1:1635762/289‑1 (MQ=255)
aCTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATCTTCCAcccctccc < 1:1168050/236‑7 (MQ=255)
cTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCa < 2:211267/289‑1 (MQ=255)
tCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGTTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAAATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGc < 1:1015595/287‑1 (MQ=255)
tCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATATTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGc < 2:119982/287‑1 (MQ=255)
ccATAAATGCGCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTAATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGCCTg < 2:263964/289‑1 (MQ=255)
cATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAg < 1:2134996/184‑1 (MQ=255)
ctctGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCa < 1:611003/272‑1 (MQ=255)
ctctGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCa > 2:611003/1‑272 (MQ=255)
aaTTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTATTCGTGAACTAAAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAAAGTCCCAATGGCCTGGATTAGAAAGCTCa > 2:1664503/1‑289 (MQ=255)
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|||
TATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAAAGTCCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACT > CP042583/1778824‑1779373
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
