Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,785,529 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,785,529 | 0 | A | T | 100.0%
| 567.5
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (127/111); total (127/111) |
| * | CP042583 | 1,785,530 | 0 | G | C | 99.6%
| 564.3
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/109); total (127/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,785,531 | 0 | T | A | 99.6%
| 567.1
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/110); minor base C (0/1); total (127/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCA > CP042583/1785250‑1785809
|||
gAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAcca > 1:551775/1‑288 (MQ=255)
gAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAcca > 1:87288/1‑288 (MQ=255)
agcgtcccGAAACCGCTTCAGCTGGTTTCGGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGAAAAGGTTGAGCCGGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTcagccagc < 2:1838000/284‑1 (MQ=255)
cttcccGCAACCGGTTAAGAGGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAgcgc < 2:1351152/286‑1 (MQ=255)
cGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATg > 1:637821/1‑289 (MQ=255)
ttGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGG‑CATCCACCGCCAGACCCTGGATGCGCAAGTTCTTAGCGGCGAAGGGGAAGATAAAGTGCTGACGGTATCATTTCCCGCCCTCGACAGCGCACCTTATGCCGGTGAAAGCATgggg > 1:439295/1‑287 (MQ=255)
tgCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAccagcctc > 2:197204/1‑251 (MQ=255)
gtcgccTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCtttt > 2:1663098/5‑288 (MQ=255)
gccTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGca > 2:1000936/2‑288 (MQ=255)
cccgATGCGTGGCAAGTGTTGACCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGcaac < 1:1139611/286‑1 (MQ=255)
cagcgcgctcgCAAATGTTGAACGCTGCGTTACGCCGGCGTGGCATTGGGGTTTTGCGGAAAAATCTACGCGAACG‑ACCCCCCGCCTGCATGCGGCCGCTTAATCAGGTCGAAAACTTAGTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGGTGCGACAGAAGCCGCCAGACGCTGAATGCACAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGGCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGcaac < 2:2235529/278‑1 (MQ=255)
gcatGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGGTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAg < 1:2064490/286‑1 (MQ=255)
ccTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAg > 1:2212812/1‑288 (MQ=255)
gcgcgcCGTTAGCCCGGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATCGTTACCGCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGGATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTc < 2:1781776/288‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTc < 1:1663098/288‑1 (MQ=255)
ccGTTACGCCCTCCGGGCATTGTGGCTTTGCTGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGttt < 1:174779/289‑1 (MQ=255)
ccGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCa > 2:1284061/1‑289 (MQ=255)
ggggCATTGGTGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGt < 2:1991768/285‑1 (MQ=255)
aggggcagccGGGAATATTT‑CGCCCGCGTTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTttgttg < 2:111202/280‑1 (MQ=255)
tgGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGca < 2:2134727/238‑1 (MQ=255)
tGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCa > 1:2196117/1‑289 (MQ=255)
gCGGGAATATTTGCGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCAGACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAAACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCaa < 2:252548/289‑1 (MQ=255)
gggAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAAtt < 1:1417973/289‑1 (MQ=255)
ggAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTAATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAAtt < 2:286743/288‑1 (MQ=255)
tACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTgctgtct > 1:111202/1‑281 (MQ=255)
tACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGa < 1:1912841/289‑1 (MQ=255)
cGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAAc < 1:87400/289‑1 (MQ=255)
gCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACgg > 1:1519877/1‑289 (MQ=255)
cG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACggg > 1:164072/1‑289 (MQ=255)
cccccGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGtgat > 2:1067571/1‑289 (MQ=255)
cccccGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCGGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGtgat < 1:536782/289‑1 (MQ=255)
tGCATACGGCCGGTTGATCAGGTCGATACCTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGGATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACaa < 2:551775/289‑1 (MQ=255)
cATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACaaaa > 1:178939/1‑289 (MQ=255)
aCGGCCTGTTAATCAGGTCGTTAACTTATTTATTCTCCCGGTCGCTGAGGGTATTTGGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGAGGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAAcc < 2:159014/289‑1 (MQ=255)
ccTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGt > 2:2074168/1‑288 (MQ=255)
ctTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCt < 1:198130/289‑1 (MQ=255)
ctTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCCCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATGAGCGGCGAAGGGGACGATAATGTGCTGTCGTCATCATTACCAGCCCAAGCCAGCGCGCCTTATGCCGTTGAACGCATGGCAGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGGTTCTGGCCTTGTCAGTGTTGTTGGAGTGCAATTGAACCTGCAACCACCGGTGATGATGACAAATACCCGTGcc > 2:1698257/1‑288 (MQ=255)
gTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTgg > 1:703378/1‑289 (MQ=255)
cGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGAGAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGa < 1:1560433/288‑1 (MQ=255)
aTAACTTATTTATTCGGCCAGTCGCGGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCTGCCTGACTCTGGATGCGAAGGTAATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATTTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGTCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGc < 1:1491447/289‑1 (MQ=255)
tAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCa < 2:483941/289‑1 (MQ=255)
tAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCa < 1:1938586/289‑1 (MQ=255)
tatttattCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAga < 1:1295995/178‑1 (MQ=255)
atttattCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGATACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAACACCGTGCCTGGGCGTGGGCCGCAGaaccc > 2:2199439/1‑286 (MQ=255)
ttattCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTAc < 1:432378/289‑1 (MQ=255)
ccGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTAc < 2:1008403/281‑1 (MQ=255)
ccGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCtgtg > 1:223606/1‑288 (MQ=255)
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tGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCa > 2:1082055/1‑289 (MQ=255)
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GAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCA > CP042583/1785250‑1785809
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A