Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F210 I1 R1
|
4928 |
385.2 |
6658600 |
97.5% |
6492135 |
231.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
828,372 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 828,372 | 0 | A | T | 100.0%
| 793.5
/ NA
| 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (175/158); total (175/158) |
| * | CP042583 | 828,373 | 0 | G | C | 99.7%
| 786.2
/ NA
| 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/157); minor base T (0/1); total (175/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 828,374 | 0 | C | G | 100.0%
| 787.7
/ NA
| 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (175/158); total (175/158) |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTG > CP042583/828094‑828651
|||
ttaagttaagTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGc > 1:1645511/1‑289 (MQ=255)
taagttaagtGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCa < 1:2411512/289‑1 (MQ=255)
gtGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTAtt > 1:1259125/1‑289 (MQ=255)
agtggCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATCTTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATTTATTAGCAATTCCCTTgg > 1:611231/1‑289 (MQ=255)
gccgggATGTAAGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCCCGCAAAGTCTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTTGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTTCGTGCAGGTGTTTCCCCAATCCCTCTGCAACTGGGAATAACGCTTCTGCTTATGCCCGTGCAACTCGTCATATTACATGGCATTAGCCTGCCCTCGTTTATAGCAATTCTATTAGCTATTCCCTTGGttat > 2:44004/4‑286 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTTCAAATCTAt > 2:2862780/1‑270 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTAt < 1:2862780/270‑1 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGt > 2:3200494/1‑286 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGAc > 1:2134618/1‑289 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGAc > 1:152273/1‑289 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGAc > 2:1495947/1‑289 (MQ=255)
gCTGGGATGTATGGATATGTAGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCaa > 1:811638/1‑264 (MQ=255)
gtGGGATGTATGGTTTTGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTACAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGAc < 2:575160/287‑1 (MQ=255)
gTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCa < 1:1785680/289‑1 (MQ=255)
aTGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACg > 2:187148/1‑289 (MQ=255)
atatGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGt < 1:436276/272‑1 (MQ=255)
atatGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTg > 1:751211/1‑273 (MQ=255)
ttgtCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTg > 1:2631198/1‑289 (MQ=255)
gtCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGAt < 1:3049929/289‑1 (MQ=255)
gcAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTTACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTcgcc > 2:770796/1‑288 (MQ=255)
aTTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCGCTGCCGCTGCTGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGa < 1:2704182/289‑1 (MQ=255)
ggATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCAt > 1:1751723/1‑289 (MQ=255)
gtgtccATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTTTGCCGCTGCGGTCGCGGCCTTGATATTTTGGTTGCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCg < 2:823542/285‑1 (MQ=255)
ttGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACAtt > 1:3243989/1‑241 (MQ=255)
attctctcgcAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTcc < 1:2724588/215‑1 (MQ=255)
attctctcgcAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCg < 2:1217645/240‑1 (MQ=255)
attctctcgcAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGt < 2:2574382/280‑1 (MQ=255)
attctctcgcAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGt < 1:1299484/280‑1 (MQ=255)
tttCTGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGTGGCTTTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCa < 2:1806452/288‑1 (MQ=255)
tctGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCTGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGtttgggt > 2:1568747/1‑284 (MQ=255)
tctGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATcc > 2:2128128/1‑271 (MQ=255)
tctGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGt < 1:1925198/289‑1 (MQ=255)
cGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCg > 1:633495/1‑288 (MQ=255)
cGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCg > 2:3258245/1‑288 (MQ=255)
tGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCTTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCTGGTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTggt > 2:2493709/1‑288 (MQ=255)
tatTTTGGTATCATTTGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCGGCAACTGTGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCtt < 1:2909689/288‑1 (MQ=255)
tCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCaa < 2:1434097/161‑1 (MQ=255)
tCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCaa > 1:1434097/1‑161 (MQ=255)
tCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTgg > 1:3131041/1‑289 (MQ=255)
gTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGAc < 1:2356786/251‑1 (MQ=255)
cccgAGTGGCAACTGCCGCCGGTCTTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGc < 1:2493709/286‑1 (MQ=255)
gAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCgg < 2:2347702/289‑1 (MQ=255)
aGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGa > 2:1300148/1‑289 (MQ=255)
aGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGa > 1:1832847/1‑289 (MQ=255)
cAACTGCCTCCGGTTTTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTTCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAggg < 2:1097491/288‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCGCGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAggg < 1:1358366/288‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGAcc < 2:196969/241‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAggg > 2:1018102/1‑288 (MQ=255)
cAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAggg < 1:1018102/288‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGt > 1:1413694/1‑289 (MQ=255)
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cTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGcaa > 1:149448/1‑286 (MQ=255)
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tAGTCTGACCTTGTTTTTGGCAAATCTATTCGCCATTCCCTTGGTTACATTTATCACGGTTCCTTTGATCCGCGGCTCGATGGTTGTGCGTTTAAGCGGGGCGTTAATCCTGGAGCAGGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCTGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCTGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAAtgtgt < 2:367467/289‑1 (MQ=255)
|||
TTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTG > CP042583/828094‑828651
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
