Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
562,432 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 562,432 | 0 | G | C | 99.3%
| 628.9
/ NA
| 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (142/125); total (143/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 562,433 | 0 | C | G | 99.3%
| 633.1
/ NA
| 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/125); minor base T (0/2); total (143/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 562,434 | 0 | T | A | 98.9%
| 622.4
/ NA
| 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (143/123); minor base G (0/3); total (143/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCGCTCTCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAA > CP042583/562160‑562709
|||
gCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCAc > 1:1140562/1‑289 (MQ=255)
aaGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCa < 2:1140562/289‑1 (MQ=255)
aaGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCa < 1:1817396/289‑1 (MQ=255)
cTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCAcc > 2:1337547/1‑288 (MQ=255)
cAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTc < 1:519951/289‑1 (MQ=255)
atcccATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATCGATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa < 2:1138382/286‑1 (MQ=255)
tttgccgacAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCt < 1:769460/253‑1 (MQ=255)
tttgccgacAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCt > 2:769460/9‑261 (MQ=255)
gccgacAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGa > 2:587907/6‑289 (MQ=255)
gcTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCt < 2:1194477/288‑1 (MQ=255)
ggATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACAGCAGCAGAGTAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGAATCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTGTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt < 2:162435/289‑1 (MQ=255)
ggCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATTCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACCCCCCGTCCCGTGGTTTTAGGAACGGGTGCTGATTAAttctca > 2:292634/1‑285 (MQ=255)
aacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tc > 1:1494253/9‑288 (MQ=255)
aacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTGCCAGATCGGTTA‑Tc > 1:1641901/9‑288 (MQ=255)
acgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tcgc < 1:1256866/282‑1 (MQ=255)
cgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTTTTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tcgccga > 2:1686422/4‑285 (MQ=255)
gacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tcgccgact < 1:1226863/287‑6 (MQ=255)
gacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tcgccgact < 1:587907/287‑6 (MQ=255)
acATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGCGGACCGGTTGCGGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑Tcgccactc > 2:1310155/2‑283 (MQ=255)
gTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGcc > 1:799565/1‑273 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCTCCGCCCCCGGCCAGATAAGCaacgatgat > 2:1580752/1‑282 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCaacgatgat > 2:1347812/1‑282 (MQ=255)
gCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAACCTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTTTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCaacgatgat < 1:292634/288‑8 (MQ=255)
gCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGCGGAACCGTTGCTGACTAATTTCCATAACGTCTACCCGCGC‑GTCCGGCCAGATacacaacactgc > 2:818147/1‑276 (MQ=255)
tAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCaacgatgatttg < 1:1711520/289‑11 (MQ=255)
tAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCaacgatgattt < 1:69162/288‑10 (MQ=255)
ctcCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgtt < 1:437514/289‑1 (MQ=255)
ctcCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgtt > 1:352698/1‑289 (MQ=255)
ccccgggcggACGAACTAGCCAACCGGTACCAGATGGTTGTTGTTATAGCGTTCGGATGATTCGTAGCTGTACGGCGCAGCTTTACCCGGCGTGATGATGGTGTTGTATGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgtt < 2:1452599/281‑1 (MQ=255)
gggACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTgt < 1:423357/289‑1 (MQ=255)
aaaCTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTaa < 1:1732648/289‑1 (MQ=255)
cTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCaacg < 1:265890/248‑3 (MQ=255)
ccAAACGGCACCAGCTGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGCTAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcg > 2:1184995/1‑268 (MQ=255)
ccAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcg < 1:1184995/268‑1 (MQ=255)
ccAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa > 1:1900242/1‑289 (MQ=255)
cAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 2:707872/288‑1 (MQ=255)
aaaCGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGc < 1:1601421/289‑1 (MQ=255)
gttttttGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGAGGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCt < 1:925881/286‑1 (MQ=255)
tttttGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTgg > 2:87204/1‑288 (MQ=255)
tataGCGTTCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTgt < 1:1068944/252‑1 (MQ=255)
atcggctgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGCTAATCAACGATGATTTGCCCATCCGCGGTGCCGTTGCGGTGGAGTAAATCTTCCGAGTATTAAGAAGCTGTCCTTCGTCCCAttt > 2:1548367/10‑288 (MQ=255)
atcggctgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTc > 1:534704/10‑289 (MQ=255)
atcggctgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTc > 1:1037971/10‑289 (MQ=255)
cggctgattCGTAGGTGTACGGCGTACCTTTTCCCGGCGTGATGAGGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAg < 2:1900242/282‑1 (MQ=255)
ctgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTTAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTGAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAgcga > 1:903820/5‑286 (MQ=255)
tgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAgcga < 2:1659837/285‑4 (MQ=255)
tgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAgcga < 1:958800/285‑4 (MQ=255)
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ccGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCaa > 1:329433/1‑289 (MQ=255)
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GCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA‑TCGCGCTCTCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAA > CP042583/562160‑562709
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
