Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
562,432 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 562,432 | 0 | G | C | 99.6%
| 535.9
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (113/114); total (113/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 562,433 | 0 | C | G | 99.1%
| 525.3
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (113/112); total (113/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 562,434 | 0 | T | A | 99.6%
| 532.0
/ NA
| 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (113/113); total (113/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
AGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CGCTC‑TCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAC > CP042583/562159‑562711
|||
cGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACg < 1:1159553/288‑1 (MQ=255)
aaGCTCACAACCATCTGCCGCCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTc < 2:62581/288‑1 (MQ=255)
aaGCTCAATTCCATTAGCCGACAAGGGCGGCTGAATAGAGGGCCCACGGCTGAAGGATGACAGCGGCAGCACAAAGAACGGGGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGGACCAGTTGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCTTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCa < 2:1931875/289‑1 (MQ=255)
aGCGCAATACCATGTGCCGACAGCGGGGGCTGGGTATAGGGCGCCCGGCTGACCGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTGACTGACGCAGAATCAACTCCAGCGGGACAATCTCGCCAAACGGCACAAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCa < 2:332718/288‑1 (MQ=255)
aaTACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTcc > 1:786844/1‑289 (MQ=255)
aTACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa > 1:1580352/1‑289 (MQ=255)
aTACCATTGGCCGACAGCGGCGGCGGGGTATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa < 2:408354/289‑1 (MQ=255)
tACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTcctt > 1:1275033/1‑287 (MQ=255)
ggATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt < 1:1408940/289‑1 (MQ=255)
atatatGGCCCACGGCTGAACGACGACATGGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTa < 2:949927/288‑1 (MQ=255)
atatatGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTa < 1:205781/288‑1 (MQ=255)
cggctgaacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑gg > 1:1765471/15‑289 (MQ=255)
aacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATc > 1:1694019/9‑288 (MQ=255)
cgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGAt > 2:96427/4‑275 (MQ=255)
acATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATcg‑ccgact > 2:66076/2‑283 (MQ=255)
tCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGAt < 1:403822/287‑1 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTCCGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCaacgatgat > 1:1438543/1‑282 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCGCCGATC‑‑CCGGCCAGATACTCaacgtttaa > 2:1261625/1‑282 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCaacgatgat > 1:964930/1‑282 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCaacgatgat > 1:575729/1‑282 (MQ=255)
tGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCaacgatgat > 1:1191523/1‑282 (MQ=255)
aCGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCGAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGTTTAATTTCCAGATG‑TGTTATCG‑TCGAC‑TCCGGCCAGATAATCaacgatgatttgc > 1:159748/1‑277 (MQ=255)
cGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCa < 1:89292/198‑1 (MQ=255)
cGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCa > 2:89292/1‑198 (MQ=255)
cGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt < 1:1732943/230‑1 (MQ=255)
cAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgttgcg < 1:1964969/289‑1 (MQ=255)
gggACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTgt < 1:1354551/289‑1 (MQ=255)
gggACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCAGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgttgcgt < 2:450182/286‑1 (MQ=255)
ggACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTgt < 1:1026250/288‑1 (MQ=255)
aaaCTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTaa < 1:1712812/289‑1 (MQ=255)
cGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCtt < 1:1284265/289‑1 (MQ=255)
cgaaCGGCACCGGGTGGTTTTTGTTATAGTGATCGACGGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCGGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTGTCGTAGCGGTGCTGCTTATTGAAACGCGCGTCGACAATGCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 2:586584/286‑1 (MQ=255)
cAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 1:1460985/288‑1 (MQ=255)
aaaCGGAACCGGATGGTGTTTGTTATAGCGATCGGCTGGGTCGTAGCGGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTGGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGc < 2:789182/289‑1 (MQ=255)
aaCGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCg < 2:1201722/289‑1 (MQ=255)
aCCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTa < 1:1911733/288‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTGTGATAGCGATCGTTTGATTCGTTGCAGTACGGCGCACCTTTACCCTGCGTGAGGATGGTGTTGTAGTTATCTTACAGATGCTGCTCATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGTTTACCAGCGAG‑CTACCTGTACCCCGCAACGCACCGTCCAGTGCTTCGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑C‑CTCATCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTACCTCTTCAGCGTATTAAGAAGCt < 2:226269/289‑1 (MQ=255)
ttGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTAGTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCtt < 2:497221/289‑1 (MQ=255)
gTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCTGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCg < 1:904402/289‑1 (MQ=255)
gTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTACCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGACCATCACCGGTGCCGTTGCGTTGGAGTAAACCTTCAGCGTATTAAGAAGTCGGCCTTCg > 2:1436403/1‑289 (MQ=255)
taGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTccc > 1:629595/1‑289 (MQ=255)
aGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCCGATC‑GGTTATCG‑CCGCA‑TCCGGCCAGATAATCCACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCTTTGCGTTCTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCTCCCCa > 2:1379224/1‑289 (MQ=255)
tgattCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAgcga < 1:1472565/285‑4 (MQ=255)
tGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAata < 2:939230/288‑1 (MQ=255)
tGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTGTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAata < 1:1799024/287‑1 (MQ=255)
tACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGTTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTATTACATCTTCAGCGTCTGAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGCTTGCGGAATATCg > 2:1799024/1‑288 (MQ=255)
tACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 1:613281/238‑1 (MQ=255)
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ggTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAc > 1:819742/1‑289 (MQ=255)
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AGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CGCTC‑TCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAC > CP042583/562159‑562711
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
