Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
568,295 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 568,295 | 0 | A | T | 98.3%
| 535.8
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (110/116); minor base G (0/4); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 568,296 | 0 | G | C | 99.6%
| 548.3
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (111/121); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 568,297 | 0 | C | G | 99.6%
| 549.6
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/122); minor base T (1/0); total (111/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTGGTGCCGACGGCGCAAATAGCCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGAGCTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCAAGCCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGAGCCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCG > CP042583/568017‑568574
|||
ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1074936/289‑1 (MQ=255)
ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:385381/289‑1 (MQ=255)
ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1489990/289‑1 (MQ=255)
ttGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGAATGTTGATTAGCGTCCAGGGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:419112/289‑1 (MQ=255)
ttGGTGCCGACGGCGCAAAGTCGCAGGTGAGGCGGATGGGGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:107559/289‑1 (MQ=255)
ttGGGGCGGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTATTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:108342/289‑1 (MQ=255)
tGGTGCCGACGGCGCAAATTGGGAGGGGCGGCAGAGTGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTGGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGAGCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCGAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTGCCCGTCGCGTCTggg < 2:1382840/288‑1 (MQ=255)
tGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 1:1763415/288‑1 (MQ=255)
tGGGGCCGACGGCGGAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGGGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTggg < 2:1520057/288‑1 (MQ=255)
cgcAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACAcc > 1:1817415/1‑288 (MQ=255)
gccGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGcc < 1:448761/287‑1 (MQ=255)
gagTTCATGCCTGGCAGTATGCGCGGTGGTGGTTTTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACGCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGcc < 2:1809627/286‑1 (MQ=255)
gTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATg < 1:199245/289‑1 (MQ=255)
tCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCg < 1:907947/289‑1 (MQ=255)
catgcatgGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATAGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGt > 1:1575640/1‑289 (MQ=255)
atgcatgGCAGTATGCGAGGTCGTGCATGTTGATTGACGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGtt < 2:753304/289‑1 (MQ=255)
tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTg > 1:162698/1‑286 (MQ=255)
tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTg < 2:162698/286‑1 (MQ=255)
tGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCa > 2:1368493/1‑288 (MQ=255)
cgcagtcgtGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACg < 1:730162/274‑1 (MQ=255)
tGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCtt > 1:775211/1‑288 (MQ=255)
gcttgtgGATTGGCGTCCAGTGCGAGAACGATACCGGGGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGAGCGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTg < 2:518307/285‑1 (MQ=255)
aTGTTGATTAGCGTGCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTgcgc < 1:1435277/289‑1 (MQ=255)
tgttttgCGTCGAGGGGGAGAGGGTTCCCGGGGACAGTGCCTGTGAGAAAGTGAATCGGTGCGGACGGGGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAATTGGGCATCTCGGGTGTGGTAGGACGCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt < 2:1748977/283‑1 (MQ=255)
tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGTGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 2:200541/1‑289 (MQ=255)
tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTgcgcgtgt > 1:1223181/1‑285 (MQ=255)
tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 1:616110/1‑289 (MQ=255)
tGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCtggt > 1:1597972/1‑289 (MQ=255)
cGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGAt > 1:645705/1‑289 (MQ=255)
ggccAGGGCGGGACCAAGCCCGGCGAACGCACCTGGCAGCAATTTAATCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGAt < 2:1317032/286‑1 (MQ=255)
aGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCCCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCcgc > 1:849874/1‑289 (MQ=255)
aGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCATCGCCATGCGTTCC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCcg > 1:706540/1‑288 (MQ=255)
aTCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATAccatcca > 1:322919/1‑289 (MQ=255)
aTCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATAccatcc > 2:1168683/1‑288 (MQ=255)
cccGGCGACAGCCCCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTgcg < 2:1268270/258‑1 (MQ=255)
aGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCgg > 1:168927/1‑289 (MQ=255)
agcaATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACTGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCGGCCAGGGCGTGCGCTGGTGGGCGACGCCGCTCATACCAGCCA‑CCCGTGGTCGGGGCTggtggg > 2:214921/1‑285 (MQ=255)
caATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGa > 1:506588/1‑289 (MQ=255)
cggacgggCCGGGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTAGGGATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGAGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTa < 2:1011293/289‑1 (MQ=255)
cggacggaCCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGCTGCCGCGCATa > 1:1010740/1‑249 (MQ=255)
acggacCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTTCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTTCGCTGGGGGGCGATGCCGCGCAACCCAGCCC‑TCCGCCGGCGGGGTCGGGAGTggacttgtggtaatg > 2:1820829/1‑275 (MQ=255)
acCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGa < 1:215755/288‑1 (MQ=255)
gtgcgtTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATAccat < 1:117243/241‑1 (MQ=255)
gtgcgtTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGa < 1:1368493/289‑1 (MQ=255)
gtTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCATCGCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGcc < 1:1195327/289‑1 (MQ=255)
gtTTCTGCCGTTGGTTGATAACCGGGCATCGCTGGGTTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAAGATGAAGATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACCCCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGGACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGc < 2:50067/288‑1 (MQ=255)
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aGCATTCCCCGCCGCGACTGGGTTGCGTTACCCCGCTTGGCGGTGGAGCGTGTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCATTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAg < 2:688421/289‑1 (MQ=255)
gcttttCCCGTCGCGTCTGGGTTCCGTTACACCGCTTGCCGCTGATGCGTTTCCGCTGACGGGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAg < 2:370819/285‑1 (MQ=255)
aTTTCCCGTCGCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCg < 1:292243/288‑1 (MQ=255)
|||
TTGGTGCCGACGGCGCAAATAGCCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGAGCTGCATGTTGATTAGCGTCCAGTGCGAGAACGATCCCGGCGACAGCACCTGGCAGCAATTTACTCCGGACGGACCGCGTGCGTTTCTGCCGTTGTTTGATAACTGGGCAAGCCTGGTGTGGTATGACTCTCCGGCGCGTATTCGCCAGTTGCAGAATATGAATATGGCACA‑GCTCCAGGCGGAAATCGCGAAGCATTTCCCGAGCCGTCTGGGTTACGTTACACCGCTTGCCGCTGGTGCGTTTCCGCTGACGCGTCGCCATGCGTTGC‑AGTACGTGCAGCCAGGGCTTGCGCTGGTGGGCGATGCCGCGCATACCATCCA‑TCCGCTGGCGGGGCAGGGAGTGAATCTTGGTTATCGTGATGTCGATGCCCTGATTGATGTTCTGGTCAACGCCCGCAGCTACGGCGAAGCGTGGGCCAGTTATCCTGTCCTCAAGCGTTACCAGATGCGGCGCATGGCGGATAACTTCATTATGCAAAGCG > CP042583/568017‑568574
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
